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I远方O

木虫 (正式写手)

[交流] MS计算混合物中不同组分的RDF

虫友们好，

目前正在用MD计算一混合物中两组分间的RDF关系。

系统如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子为CxHyOz，B分子为CaHbNc，均为大分子，原子数较多，按一定比例混合。

在得到的结构中跑1ns的NVT。

然后选中A的所有原子为Set 1， B的所有原子为Set 2， 用Forcite的RDF模块计算如下图所示。

想请教下：
（1）能不能这样设置Set，是选取其中所有的同一个原子，比如O或者N，作为一个Set，还是可以和我这样，选去A或者B中所有的原子作为一个Set？
（2）选取A中所有的原子为一个Set后，计算RDF的算法是什么，是所有原子的平均还是质心？也就是说，我还需要设定A分子或者B分子的质心作为Set重新计算吗？
（3）如果我想分子A分子的聚集现象，此时Set 选项卡我都选择的是Set1 and Set 1，能否选用Include intra/intermolecular components？
         我发现如果不选，就如下图1所示，貌似1.2A 左右的峰显示的是键长吧，应该不对？
         如果我选了Include intra/intermolecular components， 之后选择inter 的图像，就如图2 所示了. 这个还算是自聚集现象吗？
         Intra/inter molecular到底是什么意思，哪个是用来分析自聚集的呢？

谢谢大家的指导~

MS计算混合物中不同组分的RDF
Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1


MS计算混合物中不同组分的RDF-1
Fig. 2 Inter RDF for Set 1-Set 1
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1楼2016-04-07 23:24:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

诚敬谦和023

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
30楼: Originally posted by I远方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，没有任何处理~
不过我的set包含的原子较多，我觉得应该有center of mass作为set...

请问下楼主，这个  参考原子  默认就是 center of mass 吗？还是需要手动设置呀？需要我们自己设置的话，楼主可否指点一二   或者 发个教程 呢？
赞一下 回复此楼
34楼2019-07-06 19:06:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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tableman

木虫之王 (文学泰斗)
★
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福楼主了。
回复此楼
8楼2016-04-08 05:35:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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longwave4楼
2016-04-08 00:07   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
祝福 发自小木虫Android客户端
4084468536楼
2016-04-08 02:30   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
dingsuanglin12楼
2016-04-08 06:35   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
顶 发自小木虫Android客户端
时霞14楼
2016-04-08 07:27   回复  
I远方O(金币+2): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
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