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汕头大学海洋科学接受调剂
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沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后,可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面,在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为:
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1:
能不能让xyz的坐标从0开始,而不是从负值开始?
问题2:
模拟前,粘土在左侧,水相在右侧;模拟之后粘土在中间,被水包围了。请问大家,这是什么原因造成的,应该如何解决呢?

Lammps周期化运行之后,可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后,可视化结构变化-1
模拟后.png
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你若盛开清风自来
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木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧,不然怎么看呢
2楼2016-03-31 21:19:38
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移,又是周期边界,最后的结果就好理解了。
关于第一个问题,用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
3楼2016-03-31 21:29:32
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沫水abc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移,又是周期边界,最后的结果就好理解了。
关于第一个问题,用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢,谢谢您的意见
你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
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沫水abc

银虫 (小有名气)

问题已解决,发现是我用msi2lmp.exe导出数据时,recenter了,所以原点就跑到了体系的中点,而VMD可视化又是从0坐标为起点的,所以导致了模拟后的结构如图2
你若盛开清风自来
5楼2016-04-01 10:51:24
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)

楼主的in文件,可以发下看看吗?
每个人只能陪你走一段路程
6楼2016-04-01 15:22:42
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Nuclearbee

新虫 (初入文坛)

求in文件 谢谢楼主了 也想做个flow的

发自小木虫IOS客户端
7楼2017-02-15 16:29:04
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