应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
71/1返回列表
查看: 1310  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后，可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面，在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为：
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1：
能不能让xyz的坐标从0开始，而不是从负值开始？
问题2：
模拟前，粘土在左侧，水相在右侧；模拟之后粘土在中间，被水包围了。请问大家，这是什么原因造成的，应该如何解决呢？

Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后，可视化结构变化-1
模拟后.png
回复此楼

» 猜你喜欢
你若盛开清风自来
1楼 2016-03-31 16:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧，不然怎么看呢
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-31 21:19:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-31 21:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢，谢谢您的意见
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
问题已解决，发现是我用msi2lmp.exe导出数据时，recenter了，所以原点就跑到了体系的中点，而VMD可视化又是从0坐标为起点的，所以导致了模拟后的结构如图2
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
5楼2016-04-01 10:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)
楼主的in文件，可以发下看看吗？
赞一下 回复此楼
每个人只能陪你走一段路程
6楼2016-04-01 15:22:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Nuclearbee

新虫 (初入文坛)
求in文件 谢谢楼主了 也想做个flow的

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
7楼2017-02-15 16:29:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 沫水abc 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +9 且听虎啸 2026-08-07 12/600 2026-08-07 21:53 by 理想三旬2025
[基金申请] 基金中了 +13 laoda193707 2026-08-06 13/650 2026-08-07 20:33 by tchen18
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭