应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1201  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后，可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面，在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为：
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1：
能不能让xyz的坐标从0开始，而不是从负值开始？
问题2：
模拟前，粘土在左侧，水相在右侧；模拟之后粘土在中间，被水包围了。请问大家，这是什么原因造成的，应该如何解决呢？

Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后，可视化结构变化-1
模拟后.png
回复此楼

» 猜你喜欢
你若盛开清风自来
1楼 2016-03-31 16:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢，谢谢您的意见
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧，不然怎么看呢
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-31 21:19:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-31 21:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
问题已解决，发现是我用msi2lmp.exe导出数据时，recenter了，所以原点就跑到了体系的中点，而VMD可视化又是从0坐标为起点的，所以导致了模拟后的结构如图2
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
5楼2016-04-01 10:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研调剂 +7 长弓傲 2026-04-13 8/400 2026-04-13 20:46 by 长弓傲
[考研] 调剂求收留 +30 果然有我 2026-04-10 31/1550 2026-04-13 14:18 by 张zhihao
[考研] 071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂 +14 TIckLw 2026-04-06 15/750 2026-04-13 10:59 by 学zh
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 。 +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 332求调剂 +14 蕉蕉123 2026-04-10 14/700 2026-04-12 00:27 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +11 月@163.com 2026-04-07 13/650 2026-04-11 22:55 by BruceLiu320
[考研] 291分调剂 +5 上岸小莹加油 2026-04-09 6/300 2026-04-11 21:06 by 逆水乘风
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 08:57 by zhq0425
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 软件工程求调剂22软工296分求调剂，接受跨调 +4 yangchen2017 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:56 by 土木硕士招生
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭