应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
51/1返回列表
查看: 1348  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后，可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面，在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为：
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1：
能不能让xyz的坐标从0开始，而不是从负值开始？
问题2：
模拟前，粘土在左侧，水相在右侧；模拟之后粘土在中间，被水包围了。请问大家，这是什么原因造成的，应该如何解决呢？

Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后，可视化结构变化-1
模拟后.png
回复此楼

» 猜你喜欢
你若盛开清风自来
1楼 2016-03-31 16:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
问题已解决，发现是我用msi2lmp.exe导出数据时，recenter了，所以原点就跑到了体系的中点，而VMD可视化又是从0坐标为起点的，所以导致了模拟后的结构如图2
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
5楼2016-04-01 10:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧，不然怎么看呢
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-31 21:19:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-31 21:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢，谢谢您的意见
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭