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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
汕头大学海洋科学接受调剂
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沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后，可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面，在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为：
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1：
能不能让xyz的坐标从0开始，而不是从负值开始？
问题2：
模拟前，粘土在左侧，水相在右侧；模拟之后粘土在中间，被水包围了。请问大家，这是什么原因造成的，应该如何解决呢？

Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后，可视化结构变化-1
模拟后.png
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你若盛开清风自来
1楼 2016-03-31 16:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
问题已解决，发现是我用msi2lmp.exe导出数据时，recenter了，所以原点就跑到了体系的中点，而VMD可视化又是从0坐标为起点的，所以导致了模拟后的结构如图2
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你若盛开清风自来
5楼2016-04-01 10:51:24
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查看全部 7 个回答

木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧，不然怎么看呢
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2楼2016-03-31 21:19:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-31 21:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢，谢谢您的意见
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你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
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查看全部 7 个回答
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