应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1205  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps周期化运行之后，可视化结构变化 已有2人参与

我用lammps模拟粘土-水界面，在周期化条件下进行npt模拟。
模型的坐标为：
  -41.290600000    41.290600000 xlo xhi
   -35.830114730    35.830114730 ylo yhi
   -26.678739185    26.678739185 zlo zhi
问题1：
能不能让xyz的坐标从0开始，而不是从负值开始？
问题2：
模拟前，粘土在左侧，水相在右侧；模拟之后粘土在中间，被水包围了。请问大家，这是什么原因造成的，应该如何解决呢？

Lammps周期化运行之后，可视化结构变化
模拟前.png


Lammps周期化运行之后，可视化结构变化-1
模拟后.png
回复此楼

» 猜你喜欢
你若盛开清风自来
1楼 2016-03-31 16:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)
楼主的in文件，可以发下看看吗？
赞一下 回复此楼
每个人只能陪你走一段路程
6楼2016-04-01 15:22:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

木子熙涵

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
请把输入文件和in文件贴出来吧，不然怎么看呢
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-31 21:19:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沫水abc: 金币+6, ★★★很有帮助 2016-04-01 10:48:47
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-31 21:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沫水abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-31 21:29:32
关于第二个问题 楼主体系有向右漂移，又是周期边界，最后的结果就好理解了。
关于第一个问题，用一下pbc命令 把体系做个平移即可。

非常感谢，谢谢您的意见
赞一下 回复此楼
你若盛开清风自来
4楼2016-04-01 08:55:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +34 xaw. 2026-04-11 35/1750 2026-04-13 22:22 by zhq0425
[考研] 085600材料与化工，求调剂 +14 won_qii 2026-04-07 14/700 2026-04-13 22:21 by pies112
[考研] 生物医药调剂｜SCI中科院三区一作+多项科研成果 +9 likangxing 2026-04-07 12/600 2026-04-13 21:35 by 崆峒药童
[考研] 273求调剂 +3 白居不易. 2026-04-09 5/250 2026-04-13 19:27 by or7ro
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 296求调剂 +14 汪！？！ 2026-04-10 16/800 2026-04-12 10:48 by zhouyuwinner
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 考研求调剂 +3 ban班小七 2026-04-11 3/150 2026-04-11 20:48 by may_新宇
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 266求调剂 +29 阳阳哇塞 2026-04-07 29/1450 2026-04-10 16:20 by 高维春
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[考研] 初试分332，一志愿报考西北工业大学， +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 考研调剂 +13 冰冰，，， 2026-04-07 13/650 2026-04-09 17:01 by Lilly_Li
[考研] 22408 266求调剂 +11 masss11222 2026-04-07 14/700 2026-04-08 11:06 by yulian1987
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
[考研] 计算机11408 287 求调剂 +3 LiLe5 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:15 by shanqishi
[考研] 316求调剂 +4 15318418673 2026-04-07 4/200 2026-04-07 22:12 by hemengdong
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭