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钻石分子动态建模 已有2人参与
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研究生毕业论文教授要求用mathematica进行分子动力学建模。 看了两本书有了大概的思路。 疑惑的是 建模第一步计算立场 计算一个分子的力场书上有基本的计算力场的方法也有一些由经验来的比如mm amber 等简化的立场。 但是钻石是晶体结构 没有分子式。我应该怎样处理这个问题，怎样来计算钻石的力场。还有公式里所有的参数在哪里能查到？ 希望前辈们能给提供帮助，初来乍到给没有金币可以贡献。本人学的是机械系统工程教授给了我一个对于我来说全新的题目。希望能和大家多交流。 发自小木虫IOS客户端 |
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2楼2016-03-31 02:56:27
Masterarbeit
新虫 (初入文坛)
3楼2016-03-31 14:49:38
abinitio
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能否再多给点信息？ 钻石就是金刚石，一种结构的C，标准的金刚石结构是固定的，也很好建，如果单纯建模也不需要力场，所以： 1、你的要求就只是建出模型就可以了？还是要有后续计算？ 2、你所说的模型要求多大？比如多少个原子或尺寸？ |
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4楼2016-04-01 08:36:46
5楼2016-04-01 20:57:15
送红花一朵 |
谢谢你的回答，我是要用分子动力学来模拟金刚石内部原子的运动。 我看了一些关于分子动力学建模的书。 第一步就是计算分子势能也就是立场，然后用verlet来求解。其中用了周期边界条件。 关于你补充的两点： 1. 需要力场来进行后续模拟。我很困惑因为金刚石是一个晶体结构，无限的延伸下去，我要怎么计算才能算是一个分子内部势能，还是有什么简化的方法？ 2.按照周期边界条件是取一个九宫格，每个里面放置一些分子使每个格子里的分子密度和材料的分子密度保持一致。可是我这个不是一个分子啊，他是一个c一个c无限延伸下去的啊。 以上就是我很困惑的地方。谢谢指导。 发自小木虫IOS客户端 |
6楼2016-04-05 14:49:54
abinitio
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我们一般是先建立一个小模型，比如8*8*8，每个单位是一个标准的金刚石结构，原子坐标为 0 0 0 0 0.5 0.5 0.5 0 0.5 0.5 0.5 0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 对于无限延展，是要用周期性边界条件，这个概念和算法在所有的md说明中都有介绍。 至于势函数，一般是使用现成的，对于金刚石来说，常用的是sw和tersoff势，具体你也自己查吧 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
7楼2016-04-06 10:45:38
8楼2016-04-08 04:18:22
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每个单位是这样的。我所说的8*8*8是指在xyz三个方向上重复8次，当然你也可以多或者少 |
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9楼2016-04-08 08:00:27
送红花一朵 |
明白你的意思了，弄懂了边界条件的建立，比如我要模拟3.3.3个晶胞就应该建立一个5.5.5的模型。我最近看了很多讲tersoff的资料大多都是讲了计算的原理和参数。对于怎样建立坐标系模拟的具体步骤并不清楚。因为我是要用mathmatica来建模程序都要自己编写。所以想知道坐标系怎么建立的。比如我要模拟一个5.5.5的金刚石模型大概有1000多个原子，每个原子的坐标我都要自己计算出来吗？ 发自小木虫IOS客户端 |
10楼2016-04-10 17:47:19
