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钻石分子动态建模 已有2人参与
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研究生毕业论文教授要求用mathematica进行分子动力学建模。 看了两本书有了大概的思路。 疑惑的是 建模第一步计算立场 计算一个分子的力场书上有基本的计算力场的方法也有一些由经验来的比如mm amber 等简化的立场。 但是钻石是晶体结构 没有分子式。我应该怎样处理这个问题，怎样来计算钻石的力场。还有公式里所有的参数在哪里能查到？ 希望前辈们能给提供帮助，初来乍到给没有金币可以贡献。本人学的是机械系统工程教授给了我一个对于我来说全新的题目。希望能和大家多交流。 发自小木虫IOS客户端 |
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abinitio
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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我们一般是先建立一个小模型，比如8*8*8，每个单位是一个标准的金刚石结构，原子坐标为 0 0 0 0 0.5 0.5 0.5 0 0.5 0.5 0.5 0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 对于无限延展，是要用周期性边界条件，这个概念和算法在所有的md说明中都有介绍。 至于势函数，一般是使用现成的，对于金刚石来说，常用的是sw和tersoff势，具体你也自己查吧 |
Masterarbeit7楼2016-04-06 10:45:38
2楼2016-03-31 02:56:27
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3楼2016-03-31 14:49:38
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能否再多给点信息？ 钻石就是金刚石，一种结构的C，标准的金刚石结构是固定的，也很好建，如果单纯建模也不需要力场，所以： 1、你的要求就只是建出模型就可以了？还是要有后续计算？ 2、你所说的模型要求多大？比如多少个原子或尺寸？ |
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4楼2016-04-01 08:36:46
