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Masterarbeit

新虫 (初入文坛)

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[交流] 钻石分子动态建模已有2人参与

研究生毕业论文教授要求用mathematica进行分子动力学建模。看了两本书有了大概的思路。疑惑的是建模第一步计算立场计算一个分子的力场书上有基本的计算力场的方法也有一些由经验来的比如mm amber 等简化的立场。但是钻石是晶体结构没有分子式。我应该怎样处理这个问题，怎样来计算钻石的力场。还有公式里所有的参数在哪里能查到？希望前辈们能给提供帮助，初来乍到给没有金币可以贡献。本人学的是机械系统工程教授给了我一个对于我来说全新的题目。希望能和大家多交流。

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1楼 2016-03-30 23:11:05

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

模拟EPI: 2
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注册: 2007-05-11
性别: GG
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
管辖: 分子模拟

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

6楼: Originally posted by Masterarbeit at 2016-04-05 14:49:54
谢谢你的回答，我是要用分子动力学来模拟金刚石内部原子的运动。我看了一些关于分子动力学建模的书。第一步就是计算分子势能也就是立场，然后用verlet来求解。其中用了周期边界条件。
关于你补充的两点：
1. 需要 ...

我们一般是先建立一个小模型，比如8*8*8，每个单位是一个标准的金刚石结构，原子坐标为
   0    0    0
   0 0.5 0.5
0.5    0 0.5
0.5 0.5    0
  0.25  0.25 0.25
  0.25  0.75 0.75
  0.75  0.25 0.75
  0.75  0.75 0.25

对于无限延展，是要用周期性边界条件，这个概念和算法在所有的md说明中都有介绍。
至于势函数，一般是使用现成的，对于金刚石来说，常用的是sw和tersoff势，具体你也自己查吧

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