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空地上的飞鹰

新虫 (小有名气)

[求助] 候选基因扩增,求助!! 已有1人参与

各位虫友,大家好,我做的是大豆突变体定位。最近,一直在做候选基因的筛选。主要是测序。但最近利用突变体的RNA进行转录组测序,其琼脂糖凝胶的条带总是看不见,二次PCR时也没有多少条带。而且有条带的其条带大小却和我的基因大小相差很多。另外测序回来的样品好多有双峰,应该怎样避免双峰。恳请大家给点建议。
1.括基因应该注意啥?
2.琼脂糖凝胶120v,400mA这样设计可以不?
3.双峰怎么避免?谢谢

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tbsjxy

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
第一,首先你要确保你RNA提取没有问题,你检测都看不见条带,确定可以做下去?建议用试剂盒提。
第二,扩增条带和目的基因差很多的话,先确定一下你设计的引物特异性好不好,如果没有问题的话,差别大的话也是有可能,考虑是插入突变或融合基因的可能。
第三,测序双峰,最直接的解决方法是构建载体去测序,当然也可以考虑先切胶回收试试,具体要看看胶图怎么样,建议问下测序公司客服的意见。
根据楼主的叙述,问题出在第一步的可能性较大。
该用户由于违规已被禁言一辈子
2楼2016-03-25 15:21:15
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空地上的飞鹰

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbsjxy at 2016-03-25 15:21:15
第一,首先你要确保你RNA提取没有问题,你检测都看不见条带,确定可以做下去?建议用试剂盒提。
第二,扩增条带和目的基因差很多的话,先确定一下你设计的引物特异性好不好,如果没有问题的话,差别大的话也是有可 ...

谢谢,我感觉也是,我测了一下Rna的浓度才50多,不知道多少比较合适?我就用的试剂盒提的。

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3楼2016-03-25 19:29:34
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