应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » FFPE样本提取DNA后分光光度计和Qubit3.0浓度测定差别为何如此之大？
51/1返回列表
查看: 3925  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hcf321283

木虫 (小有名气)

[求助] FFPE样本提取DNA后分光光度计和Qubit3.0浓度测定差别为何如此之大？ 已有2人参与

如题
最近做实验需用到FFPE样本DNA，但是分别用两种检测方法测定浓度后发现差别太过诡异。可有大神帮忙解惑，感激不尽！
如图：前一列为分光光度计测定的浓度，后一列为Qubit3.0测定的浓度。

FFPE样本提取DNA后分光光度计和Qubit3.0浓度测定差别为何如此之大？
浓度对比表.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-23 10:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a314919473

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hcf321283: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-24 14:30:02
我们公司也有这两台仪器，但是差距没这么大。
如2楼所说，我建议你重新测量，测个空白对照，看看仪器灵敏度
赞一下(1人) 回复此楼
有你真好
4楼2016-03-24 09:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hcf321283: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2016-03-24 14:29:54
我认为这两种方法差别明显的原因有如下几点：
1. FFPE降解，DNA片段化严重，存在大量寡聚核苷酸，甚至单核苷酸，Nanodrop有读数，偏高，Qubit基于染料法，对这钟寡聚核苷酸基本不能定量，读数偏低。（主要原因）
2. RNA残留。
3. 提取DNA溶液里含有较高比例的杂质，导致有吸光读数，比如苯酚残留。

如果想进一步确定一下原因，可以跑一个片段分析看看
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-03-23 12:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hcf321283

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2016-03-23 12:36:41
我认为这两种方法差别明显的原因有如下几点：
1. FFPE降解，DNA片段化严重，存在大量寡聚核苷酸，甚至单核苷酸，Nanodrop有读数，偏高，Qubit基于染料法，对这钟寡聚核苷酸基本不能定量，读数偏低。（主要原因）
...

这是我用琼脂糖跑的电泳，FFPE基本片段化很严重。
FFPE样本提取DNA后分光光度计和Qubit3.0浓度测定差别为何如此之大？-1
电泳图
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-24 09:36:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半天云

新虫 (初入文坛)
这种情况有很正常，如果你的A260/280在1.7--1.9之间，那么差别就不会很大，另外如楼上所说，FFPE降解严重，片段化较多，请问你提取的FFPE 是做什么用
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2017-07-18 17:02:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:32 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:05 by XgCC8uTcwILl
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:53 by XgCC8uTcwILl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:50 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 6/300 2026-09-27 05:42 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 7/350 2026-09-25 11:18 by yhq9807
[硕博家园] 上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:40 by oxidpl
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
[基金申请] 师弟论文见刊大半年才想起来申请专利，还能抢救一下吗？ +4 13108017953 2026-09-21 4/200 2026-09-24 10:06 by kudofaye
[有机交流] 有机合成以后会不会被AI改变？做科研的虫友怎么看 +5 zapen 2026-09-20 8/400 2026-09-23 17:21 by tianxiaoxian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭