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hcf321283

木虫 (小有名气)

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[求助] FFPE样本提取DNA后分光光度计和Qubit3.0浓度测定差别为何如此之大？已有2人参与

如题
最近做实验需用到FFPE样本DNA，但是分别用两种检测方法测定浓度后发现差别太过诡异。可有大神帮忙解惑，感激不尽！
如图：前一列为分光光度计测定的浓度，后一列为Qubit3.0测定的浓度。

浓度对比表.png

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1楼 2016-03-23 10:23:15

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gaoyang636

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hcf321283: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2016-03-24 14:29:54

我认为这两种方法差别明显的原因有如下几点：
1. FFPE降解，DNA片段化严重，存在大量寡聚核苷酸，甚至单核苷酸，Nanodrop有读数，偏高，Qubit基于染料法，对这钟寡聚核苷酸基本不能定量，读数偏低。（主要原因）
2. RNA残留。
3. 提取DNA溶液里含有较高比例的杂质，导致有吸光读数，比如苯酚残留。

如果想进一步确定一下原因，可以跑一个片段分析看看

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2楼2016-03-23 12:36:41

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hcf321283

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引用回帖:

2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2016-03-23 12:36:41
我认为这两种方法差别明显的原因有如下几点：
1. FFPE降解，DNA片段化严重，存在大量寡聚核苷酸，甚至单核苷酸，Nanodrop有读数，偏高，Qubit基于染料法，对这钟寡聚核苷酸基本不能定量，读数偏低。（主要原因）
...

这是我用琼脂糖跑的电泳，FFPE基本片段化很严重。