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木小默1212

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1061.1
帖子: 39
在线: 47.4小时
虫号: 2946876
注册: 2014-01-24
专业: 生物化学

[求助] 引物设计已有4人参与

本人现在正在做克隆实验，主要是克隆淀粉分支酶中一个同工酶基因的CDs区，以下是目的基因的mRNA，包含有目的基因的CDs区，其中mRNA全长为2780，CDs为7-2496，基因在NCBI登陆号为AF064561，是大麦的淀粉分支酶基因，我用了Oligo7和NCBI设计引物，但是得到的引物都没能够把CDs全全部包含进去，求助各位大侠帮助设计引物，在下感激不尽！谢谢！

1 ggcgagatgg cggcgccggc gttcgcagtt tccgcggcgg ggatcgcccg gccatcggct
   61 cgtcgatcca gcggggcaga gccgagatcg ctgctcttcg gccgcaacaa gggcacccgt
   121 ttcccccgtg ccgtcggcgt cggaggttct gggtggcgcg tggtcatgcg cgcgggcggc
   181 ccgtccgggg aggtgatgat ccctgacggc ggtagtggcg gaagcggaac accgccttcc
   241 atcgagggtt ccgttcagtt cgagtctgat gatctggagg ttccattcat cgacgatgaa
   301 ccaagcctgc acgatggagg tgaagatact attcggtctt cagagacata tcaggttact
   361 gaagaaattg atgctgaagg cgtgagcaga atggacaaag aatcatccac ggtgaagaaa
   421 atacgcattg tgccacaacc cggaaatgga cagcaaatat acgacattga cccaatgctc
   481 cgagacttta agtaccatct tgagtatcga tacagcctat ataggagaat acgttcagac
   541 attgatgaat acgatggagg catggatgta ttttcccgcg gctacgagaa gtttggattt
   601 gttcgcagcg ctgaaggtat cacttaccga gaatgggctc ctggagcaga ttctgcagca
   661 ttagttggcg acttcaacaa ttgggatcca actgcagacc atatgagcaa aaatgacttg
   721 ggtatttggg agatttttct gccaaacaat gcagatggtt cgccgccaat tcctcatggc
   781 tcacgggtga aggtgcggat ggatactcca tctgggacaa aggattcaat tcctgcttgg
   841 atcaagtact ccgtgcagac tccaggagat ataccataca atggaatata ttatgaccct
   901 cctgaagagg agaagtatgt attcaagcat cctcaaccta aacgaccaaa atcattgcgg
   961 atatatgaaa cacatgttgg catgagtagc ccggaaccaa agatcaacac atatgcaaac
   1021 ttcagagatg aggtgcttcc aagaattaaa agacttggat acaatgcagt tcaaataatg
   1081 gcaatccaag agcattcata ctatggaagc tttgggtacc atgttaccaa tttctttgca
   1141 ccaagtagcc gttttgggtc cccagaagat ttaaaatcct tgattgatag agctcacgag
   1201 cttggtttgc ttgtcctgat ggatgttgtt cacagtcacg catcaagtaa taccttggac
   1261 ggtttgaatg gttttgatgg cacggataca cattactttc atggcggctc acggggccat
   1321 cactggatgt gggattctcg tgtgttcaac tacgggaata aggaagttat aaggtttcta
   1381 ctttccaatg caagatggtg gctagaggaa tataagttcg atggtttccg attcgacggc
   1441 gcgacctcca tgatgtatac ccaccatgga ttacaagtaa cctttacagg gagctaccat
   1501 gaatattttg gctttgccac ggatgtagat gcagttgttt acttgatgct ggtgaatgat
   1561 ctaattcacg cgctttatcc tgaagccgtt actattggtg aagatgttag tggaatgcct
   1621 acatttgccc ttcctgttca agttggtggg gttggttttg actatcgctt acatatggcc
   1681 gttgccgata aatggattga acttctcaaa ggaagcgatg aaggttggga gatgggtaat
   1741 attgtgcaca cactaacaaa tagaaggtgg ttggaaaagt gtgttactta tgctgaaagt
   1801 catgatcaag cacttgttgg agacaagact attgcattct ggttgatgga caaggatatg
   1861 tatgatttca tggctctgaa cggaccttcg acacctaata ttgatcgcgg aatagcactg
   1921 cataaaatga ttagacttat cacaatggct ttaggaggag agggttatct taactttatg
   1981 ggaaatgagt tcgggcatcc tgaatggata gactttccaa gaggcccaca agtacttcca
   2041 actggtaagt tcatcccagg aaataacaac agttacgaca aatgccgtcg aagatttgac
   2101 ctgggtgatg cagaatttct caggtatcat ggtatgcagc aatttgatca ggcaatgcag
   2161 catcttgagg aaaaatatgg ctttatgaca tcagaccacc agtacgtatc tcggaaacac
   2221 gaggaagata aggtgatcgt gtttgaaaaa ggggacttgg tatttgtgtt caacttccac
   2281 tggagtaata gctatttcga ctaccgggtc ggttgcttaa agcctgggaa gtacaaggtg
   2341 gtgttagact cagacgctgg actctttggt ggatttggta ggatccatca cactggagag
   2401 cacttcacta atggctgcca acatgacaac aggccccatt cgttctcagt gtacactcct
   2461 agcagaacct gtgttgtcta tgctccaatg aactaacagc aaagtgcagc atgcgcatgc
   2521 gcgctgttgt tgcttagtag caacataaat cgtatggtca atacaaccag gtgcaaggtt
   2581 taataaggtt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttgcttca
   2641 accagtcctg gatagacaag acaacatgat gttgtgctgt gtgctcccaa tccccagggc
   2701 gttgtgagga aaacatgctc atctgtgtta ccattttatg aatcagcaac gatacttctc
   2761 ccaaaaaaaa aaaaaaaaaa

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1楼 2016-03-21 16:07:56

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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)

应助: 13 (小学生)
金币: 672.9
散金: 337
红花: 8
帖子: 330
在线: 39.2小时
虫号: 2330746
注册: 2013-03-08
专业: 病原微生物变异与耐药

引用回帖:

19楼: Originally posted by Bioexperixgs at 2016-03-21 22:55:54
看你用途了。这个方法不适合荧光定量引物，但如果你能确定扩增哪一部分序列的话，也可以用。一般在基因组中超过18个连续相同碱基的片段很少，当然有回文结构，重复序列结构的序列有可能非特异性条带。所以，只要引 ...

设计好后放在ncbi里面比对，看看特异性。

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