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prthefu

木虫 (著名写手)

[交流] 为什么我在一个ORF里发现了十几个终止密码子? 已有10人参与

接手师兄的实验来做,他说给我一个完整的ORF,共就九百多。但为什么在翻成蛋白的时候,居然出现了十几个点,也就是终止密码子,这是问什么
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jjg0912

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
去NCBI 上blast ORF .然后截图上传给大家。有图才有真相

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6楼2016-03-21 16:40:28
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hdzhonghai

铁虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-03-24 07:34:39
翻译的终止不是简单的三个碱基决定的,还和周边的序列有关,刚看过《分子生物学》里面有介绍,你具体看一下
9楼2016-03-21 23:05:02
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普通回帖

原海亮

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-03-24 07:33:49
不同的阅读框吧,看看按你的起始密码子的阅读框顺序,有几个终止密码子?

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天空才是极限,我有信心飞的更高!
2楼2016-03-21 12:04:41
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-03-21 12:04:41
不同的阅读框吧,看看按你的起始密码子的阅读框顺序,有几个终止密码子?

额,我不太明白你的意思。
一个师兄说他给我的是一个完整的ORF,但是,我整个翻译成氨基酸的时候,发现翻出来有好多位置出现的是点“·”,对应着终止子,但,这不应该啊,既然是一个完整的ORF,就应该只有一个终止子啊
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3楼2016-03-21 15:06:06
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原海亮

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-24 07:34:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by prthefu at 2016-03-21 15:06:06
额,我不太明白你的意思。
一个师兄说他给我的是一个完整的ORF,但是,我整个翻译成氨基酸的时候,发现翻出来有好多位置出现的是点“·”,对应着终止子,但,这不应该啊,既然是一个完整的ORF,就应该只有一个终止 ...

给你的orf开始和结尾的三个碱基分别是起始密码子和终止密码子么?一段序列内,如果不按一定的阅读框,是会有好几个终止密码子的,你就按最开始的ATG(也可能其他起始密码子),三个碱基一组往下读,看看有几个终止密码子。

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天空才是极限,我有信心飞的更高!
4楼2016-03-21 16:29:55
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-03-21 16:29:55
给你的orf开始和结尾的三个碱基分别是起始密码子和终止密码子么?一段序列内,如果不按一定的阅读框,是会有好几个终止密码子的,你就按最开始的ATG(也可能其他起始密码子),三个碱基一组往下读,看看有几个终止 ...

我手上的这个ORF,是以ATG开始、TGA结尾的,但是我把这一段整体翻成氨基酸的时候,中间就出现了十几个终止密码子,像TAG、TGA这两种。
不知道这到底是怎么回事。按道理说ORF应只有两段有起始密码子,或者的多几个ATG,但不应该出现多个终止密码子吧·····
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5楼2016-03-21 16:37:54
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jjg0912

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
最直接的。问你师兄如果方便。

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7楼2016-03-21 16:47:02
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jjg0912 at 2016-03-21 16:47:02
最直接的。问你师兄如果方便。

如果方便,我就不会在这里问了·····
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8楼2016-03-21 22:03:45
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丝竹睛明

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
从新设计引物扩下就好了

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10楼2016-03-21 23:15:05
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