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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 为什么我在一个ORF里发现了十几个终止密码子？
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prthefu

木虫 (著名写手)

[交流] 为什么我在一个ORF里发现了十几个终止密码子？已有10人参与

接手师兄的实验来做，他说给我一个完整的ORF，共就九百多。但为什么在翻成蛋白的时候，居然出现了十几个点，也就是终止密码子，这是问什么
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1楼2016-03-21 11:21:24
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prthefu

木虫 (著名写手)
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2楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-03-21 12:04:41
不同的阅读框吧，看看按你的起始密码子的阅读框顺序，有几个终止密码子？

额，我不太明白你的意思。
一个师兄说他给我的是一个完整的ORF，但是，我整个翻译成氨基酸的时候，发现翻出来有好多位置出现的是点“·”，对应着终止子，但，这不应该啊，既然是一个完整的ORF,就应该只有一个终止子啊
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3楼2016-03-21 15:06:06
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prthefu

木虫 (著名写手)
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4楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-03-21 16:29:55
给你的orf开始和结尾的三个碱基分别是起始密码子和终止密码子么？一段序列内，如果不按一定的阅读框，是会有好几个终止密码子的，你就按最开始的ATG（也可能其他起始密码子），三个碱基一组往下读，看看有几个终止 ...

我手上的这个ORF,是以ATG开始、TGA结尾的，但是我把这一段整体翻成氨基酸的时候，中间就出现了十几个终止密码子，像TAG、TGA这两种。
不知道这到底是怎么回事。按道理说ORF应只有两段有起始密码子，或者的多几个ATG，但不应该出现多个终止密码子吧·····
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5楼2016-03-21 16:37:54
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prthefu

木虫 (著名写手)
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7楼: Originally posted by jjg0912 at 2016-03-21 16:47:02
最直接的。问你师兄如果方便。

如果方便，我就不会在这里问了·····
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8楼2016-03-21 22:03:45
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prthefu

木虫 (著名写手)
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12楼: Originally posted by 我爱chi辣椒 at 2016-03-22 01:19:44
三种阅读方式
...

请问，怎么去NCBI中进行BLAST？
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13楼2016-03-22 08:04:08
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prthefu

木虫 (著名写手)
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14楼: Originally posted by Sunshine092 at 2016-03-22 12:10:18
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html 用这个在线软件看分析一下 找到最长的那个开放阅读框。。。

我在ORF Finder中找到一个最长的ORF,但是，我看下面翻译氨基酸，为什么是反向互补序列翻的氨基酸啊·····
下面链接是ORF Finder的结果：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10135250
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16楼2016-03-23 19:46:18
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木虫 (著名写手)
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19楼: Originally posted by willzhuu at 2016-03-24 08:16:20
不是说所有的atg都是起始密码子，只有开始翻译的那个才是。你看看有没gccaccatgg这段kozak序列？如果有，那么这里的atg才是起始密码子。
...

kozak序列？？？为什么我在网上长的kozak序列，不是你说的gccaccatgg，我看百科中解释的是：：：：
1.Kozak序列是位于真核生物mRNA 5'端帽子结构后面的一段核酸序列，通常是ACCACCAUGG，它可以与翻译起始因子结合而介导含有5'帽子结构的mRNA翻译起始。对应于原核生物的SD序列。
2.真核生物基因中起始密码子上下游的最佳序列为，-3位为嘌呤碱基;+4位为G，起始密码子AUG中的A处于+1位。A/GCCAUGG被称为kozak序列或扫描序列。
为什么上面这两个kozak序列还不一样呢？？
求解·······
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20楼2016-03-24 17:15:48
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木虫 (著名写手)
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18楼: Originally posted by 张凡云 at 2016-03-24 07:46:12
反向互补是正常的，因为基因转录，不一定是转录你DNA53方向的那一段，也可能是互补序列，而且你那个ORF里面木有终止密码子啊。建议你直接把序列放到blast里面去核苷酸比对一下，看是哪一个基因再说吧。
...

对，我也发现了，上面翻出来，最后根本没有终止密码子。
还有，你说------------建议你直接把序列放到blast里面去核苷酸比对一下，看是哪一个基因再说吧。
这是什么意思。我把我手上的基因怎么做BLAST呢？
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21楼2016-03-24 17:18:57
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木虫 (著名写手)
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17楼: Originally posted by haijun海军11 at 2016-03-24 00:12:40
是否有启动子？

上面翻成的氨基酸，第一个对应的就是起始密码子啊
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22楼2016-03-24 17:19:27
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