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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 为什么我在一个ORF里发现了十几个终止密码子？
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我爱chi辣椒

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一，你的orf开头不是真正的起始密码子，因为一段序列有三种方式。二，也有可能你的序列内部缺失或者插入了一个或者两个碱基。你可以先进NCBI blast一下，看看是不是完整的ORF。

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A right way maybe not a good way！
11楼2016-03-22 01:19:08
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我爱chi辣椒

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 我爱chi辣椒 at 2016-03-22 01:19:08
一，你的orf开头不是真正的起始密码子，因为一段序列有三种方式。二，也有可能你的序列内部缺失或者插入了一个或者两个碱基。你可以先进NCBI blast一下，看看是不是完整的ORF。
...

三种阅读方式

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A right way maybe not a good way！
12楼2016-03-22 01:19:44
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prthefu

木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 我爱chi辣椒 at 2016-03-22 01:19:44
三种阅读方式
...

请问，怎么去NCBI中进行BLAST？
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nothing is impossible in this world，if you have the will to win，you can achieve anything
13楼2016-03-22 08:04:08
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Sunshine092

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html 用这个在线软件看分析一下 找到最长的那个开放阅读框。。。
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14楼2016-03-22 12:10:18
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远望集团

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼上正解，先用ORF Finder看看，然后才好进一步分析。
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只要努力，一切皆有可能！更美的风景在那片更高的天空。。。
15楼2016-03-22 12:55:05
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prthefu

木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by Sunshine092 at 2016-03-22 12:10:18
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html 用这个在线软件看分析一下 找到最长的那个开放阅读框。。。

我在ORF Finder中找到一个最长的ORF,但是，我看下面翻译氨基酸，为什么是反向互补序列翻的氨基酸啊·····
下面链接是ORF Finder的结果：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10135250
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nothing is impossible in this world，if you have the will to win，you can achieve anything
16楼2016-03-23 19:46:18
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haijun海军11

新虫 (小有名气)
是否有启动子？

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大家一起加油
17楼2016-03-24 00:12:40
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张凡云

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by prthefu at 2016-03-23 19:46:18
我在ORF Finder中找到一个最长的ORF,但是，我看下面翻译氨基酸，为什么是反向互补序列翻的氨基酸啊·····
下面链接是ORF Finder的结果：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10135250...

反向互补是正常的，因为基因转录，不一定是转录你DNA53方向的那一段，也可能是互补序列，而且你那个ORF里面木有终止密码子啊。建议你直接把序列放到blast里面去核苷酸比对一下，看是哪一个基因再说吧。

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18楼2016-03-24 07:46:12
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willzhuu

铁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by prthefu at 2016-03-21 16:37:54
我手上的这个ORF,是以ATG开始、TGA结尾的，但是我把这一段整体翻成氨基酸的时候，中间就出现了十几个终止密码子，像TAG、TGA这两种。
不知道这到底是怎么回事。按道理说ORF应只有两段有起始密码子，或者的多几个A ...

不是说所有的atg都是起始密码子，只有开始翻译的那个才是。你看看有没gccaccatgg这段kozak序列？如果有，那么这里的atg才是起始密码子。

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不求一鸣惊人，但求抛砖引玉。
19楼2016-03-24 08:16:20
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prthefu

木虫 (著名写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by willzhuu at 2016-03-24 08:16:20
不是说所有的atg都是起始密码子，只有开始翻译的那个才是。你看看有没gccaccatgg这段kozak序列？如果有，那么这里的atg才是起始密码子。
...

kozak序列？？？为什么我在网上长的kozak序列，不是你说的gccaccatgg，我看百科中解释的是：：：：
1.Kozak序列是位于真核生物mRNA 5'端帽子结构后面的一段核酸序列，通常是ACCACCAUGG，它可以与翻译起始因子结合而介导含有5'帽子结构的mRNA翻译起始。对应于原核生物的SD序列。
2.真核生物基因中起始密码子上下游的最佳序列为，-3位为嘌呤碱基;+4位为G，起始密码子AUG中的A处于+1位。A/GCCAUGG被称为kozak序列或扫描序列。
为什么上面这两个kozak序列还不一样呢？？
求解·······
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nothing is impossible in this world，if you have the will to win，you can achieve anything
20楼2016-03-24 17:15:48
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