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kgoing

新虫 (初入文坛)


[资源] 如何在天河二号上安装Material Studio软件

做过模拟计算的同仁,应该对于Material Studio软件比较熟悉,尤其是该软件友好的界面,是优秀的前处理以及后处理软件之一。但该软件常用的模块Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高,即使对于linux版(更不用说Windows版),我想诸君都很少用到百核以上。因此,今天跟大家分享一下如何利用超算(目前运行最快的天河二号为例)的分布式系统,突破并行核数以及内存的限制。

    如果大家有该软件版权的话,不妨根据附件的安装文档,自己尝试安装。MS常用的版本包括60/70/80,安装以及使用的方法则是大同小异,我已经将安装文档、脚本(针对天河二号的SLUERM系统)以及相关的文件(支持高速网的库文件)添加到附件中,大家可以结合安装文档的内容去使用其他附件。同时建议大家安装成功以后一定要进行正确性测试,用自己熟悉的算例结果去比对。

    在此,需要分享的一个经验的是,虽然天河二号的收费方式是以一个结点为计算单元(一个结点24核,即用1核和用24个核是一样的收费方式),但并不一定每个算例用满一个结点CPU物理核的性能最好(举个例子:任务量一定,过多CPU物理核的参与,会把时间浪费在协调上),如果不太清楚自己算例的情况,可以做扩展性测试,从1、2、4、8、16...核数一直往上测执行时间,在时间曲线的拐点附近寻找最优核数。

PS:有问题的虫友,请给我留言,如果相关内容有问题,我会及时更新。。
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  • 2016-03-17 17:48:13, 28.33 M
  • 附件 2 : 如何在天河二号上安装MS.pdf
  • 2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
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  • 2016-03-21 15:06:26, 713 bytes

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典韦123

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

使用广州天河二号进行castep计算,当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!(MS版本为7.0)
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace stack:
nlxc_basis_initialise_complex
nlxc_basis_initialise
nlxc_initialise
castep
烦请楼主指导!
3楼2016-04-08 19:13:00
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普通回帖

vasp001

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢,这才叫专业。
2楼2016-03-23 20:41:41
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vasp001

金虫 (正式写手)


MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错,不知道你们有没有碰到过这个问题。
6楼2016-04-30 23:13:12
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hh1025

捐助贵宾 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问楼主matserver.sh和matscript.sh这两个在调用forcite上有什么区别啊
8楼2016-06-23 18:06:10
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vasp001

金虫 (正式写手)


解压  MS_lib.tar.gz文件,报错。

tar xvzf MS_lib.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

请问是不是文件问题
9楼2016-07-04 11:57:06
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vasp001

金虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算,当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!(MS版本为7.0)
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

解压  MS_lib.tar.gz文件,报错。

tar xvzf MS_lib.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

请问是不是文件问题
10楼2016-07-04 12:10:06
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climby

新虫 (初入文坛)


我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便,不用折腾。有需要尝试的,我可以申请试算帐号体验

发自小木虫Android客户端
13楼2017-03-13 19:35:39
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sweet丽丽

金虫 (小有名气)


引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便,不用折腾。有需要尝试的,我可以申请试算帐号体验
...

我们已经申请了天河二号  那用MS如何提交任务呢
16楼2017-10-17 18:51:47
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Mr.WW

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便,不用折腾。有需要尝试的,我可以申请试算帐号体验
...

你好,请问怎样使用贵公司搭建的MS进行运算
19楼2018-02-26 22:06:32
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wangfya

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算,当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!(MS版本为7.0)
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

还用超算吗?我们有资源 17355708213
20楼2018-02-27 10:21:26
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wangfya

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
19楼: Originally posted by Mr.WW at 2018-02-26 22:06:32
你好,请问怎样使用贵公司搭建的MS进行运算...

17355708213 企鹅号523297612 询问超算资源
21楼2018-02-27 10:23:09
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a707317981

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便,不用折腾。有需要尝试的,我可以申请试算帐号体验
...

您好 请问怎样使用贵公司的ms进行运算呢
23楼2018-05-23 23:23:46
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guozhiwei123

金虫 (小有名气)


[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H ~]$ cd bin
[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H bin]$ cd MaterialsStudio2017R2
[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H MaterialsStudio2017R2]$ ./install
-bash: ./install: Permission denied
楼主,为什么我在天河二号上安装castep的过程出现权限拒绝怎么解决
24楼2018-09-29 10:01:58
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wangya

新虫 (正式写手)


★ 一星级,一般

我们免费安装软件 523297612

发自小木虫IOS客户端
25楼2018-09-29 11:05:20
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晴雪初荷

新虫 (小有名气)


楼主,您好!我已经在天河二号上安装castep,但是用yhbatch脚本提交作业的时候出现错误,请问怎么利用你的附件里面的脚本进行提交,是直接与我所需要算的体系一起放在传输文件里面吗?
26楼2018-10-01 16:34:40
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张世平

新虫 (初入文坛)


★ 一星级,一般

引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便,不用折腾。有需要尝试的,我可以申请试算帐号体验
...

怎么联系

发自小木虫Android客户端
27楼2018-10-30 19:51:50
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张世平

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
6楼: Originally posted by vasp001 at 2016-04-30 23:13:12
MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错,不知道你们有没有碰到过这个问题。

有最后你怎么解决的

发自小木虫Android客户端
28楼2018-10-31 10:38:31
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yaoyit6

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

马上准备在天河二号上安装materials studio,先关注,谢谢博主!
30楼2021-01-07 10:23:45
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qrgong

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算,当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!(MS版本为7.0)
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

老师您好,我遇到了同样的问题,ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation 请问您现在解决了吗?还请赐教。
31楼2021-07-09 17:02:18
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ChestNuT3T

新虫 (初入文坛)


老师您好,现在资源小木虫上面无法下载资源了,请问能不能劳烦老师发一下资源,目前我们课题遇到了forceit模块提交问题。邮箱为565197645@qq.com。谢谢老师了!

发自小木虫Android客户端
33楼2021-11-17 13:31:36
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sunpixel4楼
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saphy12楼
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lisu55517楼
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2018-02-06 15:40   回复  
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gsdgh22楼
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ChestNuT3T32楼
2021-11-17 13:24   回复  
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