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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 资源共享 » 如何在天河二号上安装Material Studio软件
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kgoing

新虫 (初入文坛)

[资源] 如何在天河二号上安装Material Studio软件

做过模拟计算的同仁，应该对于Material Studio软件比较熟悉，尤其是该软件友好的界面，是优秀的前处理以及后处理软件之一。但该软件常用的模块Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高，即使对于linux版（更不用说Windows版），我想诸君都很少用到百核以上。因此，今天跟大家分享一下如何利用超算（目前运行最快的天河二号为例）的分布式系统，突破并行核数以及内存的限制。

    如果大家有该软件版权的话，不妨根据附件的安装文档，自己尝试安装。MS常用的版本包括60/70/80，安装以及使用的方法则是大同小异，我已经将安装文档、脚本（针对天河二号的SLUERM系统）以及相关的文件（支持高速网的库文件）添加到附件中，大家可以结合安装文档的内容去使用其他附件。同时建议大家安装成功以后一定要进行正确性测试，用自己熟悉的算例结果去比对。

    在此，需要分享的一个经验的是，虽然天河二号的收费方式是以一个结点为计算单元（一个结点24核，即用1核和用24个核是一样的收费方式），但并不一定每个算例用满一个结点CPU物理核的性能最好（举个例子：任务量一定，过多CPU物理核的参与，会把时间浪费在协调上），如果不太清楚自己算例的情况，可以做扩展性测试，从1、2、4、8、16...核数一直往上测执行时间，在时间曲线的拐点附近寻找最优核数。

PS：有问题的虫友，请给我留言，如果相关内容有问题，我会及时更新。。
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    • 2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
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    • 2016-03-21 15:06:26, 713 bytes

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1楼2016-03-21 09:00:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

典韦123

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

使用广州天河二号进行castep计算，当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!（MS版本为7.0）
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace stack:
nlxc_basis_initialise_complex
nlxc_basis_initialise
nlxc_initialise
castep
烦请楼主指导！
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3楼2016-04-08 19:13:00
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普通回帖

vasp001

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢，这才叫专业。
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2楼2016-03-23 20:41:41
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vasp001

金虫 (正式写手)
MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错，不知道你们有没有碰到过这个问题。
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6楼2016-04-30 23:13:12
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hh1025

捐助贵宾 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问楼主matserver.sh和matscript.sh这两个在调用forcite上有什么区别啊
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8楼2016-06-23 18:06:10
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vasp001

金虫 (正式写手)
解压  MS_lib.tar.gz文件，报错。

tar xvzf MS_lib.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

请问是不是文件问题
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9楼2016-07-04 11:57:06
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vasp001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算，当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!（MS版本为7.0）
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

解压  MS_lib.tar.gz文件，报错。

tar xvzf MS_lib.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: Error is not recoverable: exiting now

请问是不是文件问题
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10楼2016-07-04 12:10:06
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climby

新虫 (初入文坛)
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便，不用折腾。有需要尝试的，我可以申请试算帐号体验

发自小木虫Android客户端
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13楼2017-03-13 19:35:39
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sweet丽丽

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便，不用折腾。有需要尝试的，我可以申请试算帐号体验
...

我们已经申请了天河二号  那用MS如何提交任务呢
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16楼2017-10-17 18:51:47
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Mr.WW

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便，不用折腾。有需要尝试的，我可以申请试算帐号体验
...

你好，请问怎样使用贵公司搭建的MS进行运算
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19楼2018-02-26 22:06:32
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wangfya

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算，当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!（MS版本为7.0）
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

还用超算吗？我们有资源 17355708213
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20楼2018-02-27 10:21:26
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wangfya

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
19楼: Originally posted by Mr.WW at 2018-02-26 22:06:32
你好，请问怎样使用贵公司搭建的MS进行运算...

17355708213 企鹅号523297612 询问超算资源
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21楼2018-02-27 10:23:09
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a707317981

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便，不用折腾。有需要尝试的，我可以申请试算帐号体验
...

您好 请问怎样使用贵公司的ms进行运算呢
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23楼2018-05-23 23:23:46
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guozhiwei123

金虫 (小有名气)
[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H ~]$ cd bin
[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H bin]$ cd MaterialsStudio2017R2
[scut_xwkang_1@ln42%tianhe2-H MaterialsStudio2017R2]$ ./install
-bash: ./install: Permission denied
楼主，为什么我在天河二号上安装castep的过程出现权限拒绝怎么解决
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24楼2018-09-29 10:01:58
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wangya

新虫 (正式写手)

★ 一星级,一般

我们免费安装软件 523297612

发自小木虫IOS客户端
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25楼2018-09-29 11:05:20
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晴雪初荷

新虫 (小有名气)
楼主，您好！我已经在天河二号上安装castep，但是用yhbatch脚本提交作业的时候出现错误，请问怎么利用你的附件里面的脚本进行提交，是直接与我所需要算的体系一起放在传输文件里面吗？
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26楼2018-10-01 16:34:40
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张世平

新虫 (初入文坛)

★ 一星级,一般

引用回帖:
13楼: Originally posted by climby at 2017-03-13 19:35:39
我们公司已在天河二号上架好了gateway,想使用的伙伴们只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作业计算了。非常方便，不用折腾。有需要尝试的，我可以申请试算帐号体验
...

怎么联系

发自小木虫Android客户端
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27楼2018-10-30 19:51:50
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张世平

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by vasp001 at 2016-04-30 23:13:12
MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错，不知道你们有没有碰到过这个问题。

有最后你怎么解决的

发自小木虫Android客户端
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28楼2018-10-31 10:38:31
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yaoyit6

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

马上准备在天河二号上安装materials studio，先关注，谢谢博主！
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30楼2021-01-07 10:23:45
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qrgong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 典韦123 at 2016-04-08 19:13:00
使用广州天河二号进行castep计算，当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!（MS版本为7.0）
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace s ...

老师您好，我遇到了同样的问题，ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation 请问您现在解决了吗？还请赐教。
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31楼2021-07-09 17:02:18
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ChestNuT3T

新虫 (初入文坛)
老师您好，现在资源小木虫上面无法下载资源了，请问能不能劳烦老师发一下资源，目前我们课题遇到了forceit模块提交问题。邮箱为565197645@qq.com。谢谢老师了！

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33楼2021-11-17 13:31:36
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sunpixel4楼
2016-04-09 07:02   回复  
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书虫呆呆7楼
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neu2009112015楼
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lisu55517楼
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xiaowandouer18楼
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gsdgh22楼
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blue松松29楼
2019-12-08 20:25   回复  
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ChestNuT3T32楼
2021-11-17 13:24   回复  
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