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如何在天河二号上安装Material Studio软件
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做过模拟计算的同仁，应该对于Material Studio软件比较熟悉，尤其是该软件友好的界面，是优秀的前处理以及后处理软件之一。但该软件常用的模块Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高，即使对于linux版（更不用说Windows版），我想诸君都很少用到百核以上。因此，今天跟大家分享一下如何利用超算（目前运行最快的天河二号为例）的分布式系统，突破并行核数以及内存的限制。 如果大家有该软件版权的话，不妨根据附件的安装文档，自己尝试安装。MS常用的版本包括60/70/80，安装以及使用的方法则是大同小异，我已经将安装文档、脚本（针对天河二号的SLUERM系统）以及相关的文件（支持高速网的库文件）添加到附件中，大家可以结合安装文档的内容去使用其他附件。同时建议大家安装成功以后一定要进行正确性测试，用自己熟悉的算例结果去比对。 在此，需要分享的一个经验的是，虽然天河二号的收费方式是以一个结点为计算单元（一个结点24核，即用1核和用24个核是一样的收费方式），但并不一定每个算例用满一个结点CPU物理核的性能最好（举个例子：任务量一定，过多CPU物理核的参与，会把时间浪费在协调上），如果不太清楚自己算例的情况，可以做扩展性测试，从1、2、4、8、16...核数一直往上测执行时间，在时间曲线的拐点附近寻找最优核数。 PS：有问题的虫友，请给我留言，如果相关内容有问题，我会及时更新。。 |
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2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
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