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kgoing

新虫 (初入文坛)


[资源] 如何在天河二号上安装Material Studio软件

做过模拟计算的同仁,应该对于Material Studio软件比较熟悉,尤其是该软件友好的界面,是优秀的前处理以及后处理软件之一。但该软件常用的模块Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高,即使对于linux版(更不用说Windows版),我想诸君都很少用到百核以上。因此,今天跟大家分享一下如何利用超算(目前运行最快的天河二号为例)的分布式系统,突破并行核数以及内存的限制。

    如果大家有该软件版权的话,不妨根据附件的安装文档,自己尝试安装。MS常用的版本包括60/70/80,安装以及使用的方法则是大同小异,我已经将安装文档、脚本(针对天河二号的SLUERM系统)以及相关的文件(支持高速网的库文件)添加到附件中,大家可以结合安装文档的内容去使用其他附件。同时建议大家安装成功以后一定要进行正确性测试,用自己熟悉的算例结果去比对。

    在此,需要分享的一个经验的是,虽然天河二号的收费方式是以一个结点为计算单元(一个结点24核,即用1核和用24个核是一样的收费方式),但并不一定每个算例用满一个结点CPU物理核的性能最好(举个例子:任务量一定,过多CPU物理核的参与,会把时间浪费在协调上),如果不太清楚自己算例的情况,可以做扩展性测试,从1、2、4、8、16...核数一直往上测执行时间,在时间曲线的拐点附近寻找最优核数。

PS:有问题的虫友,请给我留言,如果相关内容有问题,我会及时更新。。
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  • 2016-03-17 17:48:13, 28.33 M
  • 附件 2 : 如何在天河二号上安装MS.pdf
  • 2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
  • 附件 3 : sub_script.tar.gz
  • 2016-03-21 15:06:26, 713 bytes

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张世平

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
6楼: Originally posted by vasp001 at 2016-04-30 23:13:12
MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错,不知道你们有没有碰到过这个问题。

有最后你怎么解决的

发自小木虫Android客户端
28楼2018-10-31 10:38:31
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查看全部 33 个回答

vasp001

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢,这才叫专业。
2楼2016-03-23 20:41:41
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典韦123

铁杆木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

使用广州天河二号进行castep计算,当选用HSE06计算带隙时出现如下错误!(MS版本为7.0)
ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation
Current trace stack:
nlxc_basis_initialise_complex
nlxc_basis_initialise
nlxc_initialise
castep
烦请楼主指导!
3楼2016-04-08 19:13:00
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vasp001

金虫 (正式写手)


MS_lib.tar.gz  这个文件解压报错,不知道你们有没有碰到过这个问题。
6楼2016-04-30 23:13:12
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sunpixel4楼
2016-04-09 07:02   回复  
2016-04-09 20:53   回复  
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2016-05-20 14:28   回复  
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saphy12楼
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