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kingjazz23

金虫 (小有名气)

[求助] CRISPR/Cas系列问题 已有1人参与

您们好,今年研一下学期老板打算做CRISPR/Cas,叫我查查问题,我们打算做酵母的CRISPR/Cas,看了几篇文献,有些问题不是很懂,所以想问问你们:
(1)在paper中经常会看到一个a premature stop codon,想问问他有什么作用,一般看到都是用研究人员在PAM的位置引入的,不太清楚他们的意图是什么?
(2)经常在paper中看到gRNA cassette和plasmid,我知道plasmid是质粒的意思,而前面那个cassette不太清楚是什么意思,在DiCarlo的一篇文献中,他提到了两种gRNA的表达方法,一个是gRNA PCR cassette还有一个是gRNA plasmid,这两个到底有什么区别?
(3)经常在文章中出现的target sequence是存在于gRNA上的那段识别目标DNA的序列还是指含有PAM序列那段序列?
(4)文章中有时候会出现的tRNA是指tracrRNA吗?
(5)同样是在DiCarlo那篇文献中,其中有一句话是Donor DNA was designed to recombine within the gRNA CAN1.Y genomic target using homology arms to the site,
想问问这句话是什么意思?Donor DNA不是应该与基因组序列配对吗?通过同源臂进行修复,达到替换的效果,这里为什么说是与gRNA结合呢?
(6)文献中常常出现的oligonucleotide是指Donor DNA吗?

以上这些就是本人一些不太理解的地方,希望各路大神帮忙解决一下,谢谢!
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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)

引用回帖:
21楼: Originally posted by kingjazz23 at 2016-03-13 21:51:58
谢谢您的回复!不过还是有些地方不明白,首先你说的插入突变序列是指同源重组后插入的片段吗?然后突变PAM序列应该就是为了不让CAS9蛋白识别,再次发生切割。还有就是将那个终止密码子插入到靶基因中使它提前表达终 ...

2015年有一篇白念CRISPR/cas9构建的论文,你可以看看。思路很不错的。

发自小木虫Android客户端
24楼2016-03-13 23:30:49
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王继楼马

新虫 (小有名气)

已关注这个问题,目前课题涉及CRISPR-CAS9,原理还是懂,先推荐楼主看中文的说明再去看英文的文献,会好很多。因为很多概念你只有中文才能理解透彻。抱歉先关注,这两天闲下来的时候再共同讨论。
2楼2016-03-11 20:52:54
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ken19860823

木虫 (正式写手)

1.蛋白质翻译起始于atg,终止于三个终止子。如果前面的序列提前突变成终止子就是premature stop codon了。。2.一个表达单元叫cassette,包含启动子cds

发自小木虫Android客户端
做基因修饰的老菜鸡
3楼2016-03-11 21:06:06
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happykings

木虫 (正式写手)

4楼2016-03-11 21:09:48
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