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kingjazz23

金虫 (小有名气)

[求助] CRISPR/Cas系列问题 已有1人参与

您们好,今年研一下学期老板打算做CRISPR/Cas,叫我查查问题,我们打算做酵母的CRISPR/Cas,看了几篇文献,有些问题不是很懂,所以想问问你们:
(1)在paper中经常会看到一个a premature stop codon,想问问他有什么作用,一般看到都是用研究人员在PAM的位置引入的,不太清楚他们的意图是什么?
(2)经常在paper中看到gRNA cassette和plasmid,我知道plasmid是质粒的意思,而前面那个cassette不太清楚是什么意思,在DiCarlo的一篇文献中,他提到了两种gRNA的表达方法,一个是gRNA PCR cassette还有一个是gRNA plasmid,这两个到底有什么区别?
(3)经常在文章中出现的target sequence是存在于gRNA上的那段识别目标DNA的序列还是指含有PAM序列那段序列?
(4)文章中有时候会出现的tRNA是指tracrRNA吗?
(5)同样是在DiCarlo那篇文献中,其中有一句话是Donor DNA was designed to recombine within the gRNA CAN1.Y genomic target using homology arms to the site,
想问问这句话是什么意思?Donor DNA不是应该与基因组序列配对吗?通过同源臂进行修复,达到替换的效果,这里为什么说是与gRNA结合呢?
(6)文献中常常出现的oligonucleotide是指Donor DNA吗?

以上这些就是本人一些不太理解的地方,希望各路大神帮忙解决一下,谢谢!
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kingjazz23

金虫 (小有名气)

引用回帖:
19楼: Originally posted by Bioexperixgs at 2016-03-13 13:03:21
pam与临近基序之间插入突变序列,一般是加一个终止密码子并使pam突变以及一个酶切位点,两个作用:使pam突变不再被cas识别;终止密码子是插入靶基因使靶基因提前表达终止;酶切位点是用于筛选的。突变是复制在修复模 ...

谢谢您的回复!不过还是有些地方不明白,首先你说的插入突变序列是指同源重组后插入的片段吗?然后突变PAM序列应该就是为了不让CAS9蛋白识别,再次发生切割。还有就是将那个终止密码子插入到靶基因中使它提前表达终止是为了什么?
21楼2016-03-13 21:51:58
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王继楼马

新虫 (小有名气)

已关注这个问题,目前课题涉及CRISPR-CAS9,原理还是懂,先推荐楼主看中文的说明再去看英文的文献,会好很多。因为很多概念你只有中文才能理解透彻。抱歉先关注,这两天闲下来的时候再共同讨论。
2楼2016-03-11 20:52:54
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ken19860823

木虫 (正式写手)

1.蛋白质翻译起始于atg,终止于三个终止子。如果前面的序列提前突变成终止子就是premature stop codon了。。2.一个表达单元叫cassette,包含启动子cds

发自小木虫Android客户端
做基因修饰的老菜鸡
3楼2016-03-11 21:06:06
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happykings

木虫 (正式写手)

4楼2016-03-11 21:09:48
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