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kaka369

新虫 (小有名气)

[求助] 高拷贝质粒变成低拷贝,可能吗?! 已有1人参与

最近用pGEM T-easy 构建了一个载体(在多克隆位点区插入大约4kb片段),总长度大约7KB,这个载体转入DH5a能狗很好的提取质粒,,5ML菌液可以提取50ul质粒,浓度达到468ng/ul, 实验室用的是OMEGA 质粒小提盒子,可是当我双酶切插入GFP(大约800bp), 获得阳性克隆,提取质粒的时候遇到问题了,,质粒却成了低拷贝,用5ml菌液最后浓度才10ng/ul, 我跟空载体同时做,发现空载体可以提的很好 (说明试剂盒没有问题),就是插入片段的质粒菌,浓度很低。这是什么原因?
推测:质粒太长?!不太可能
          DH5a菌株有问题?造成裂解有问题?!
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kaka369

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by BAC 文库 at 2016-03-22 09:11:25
质粒的拷贝数是有复制启始子和菌株决定的,一般情况下不会受插入片段的影响,除非你的插入片段中包括另外一个启动子或者致死基因等。GEM T-easy 是一类多功能型高拷贝载体,你尝试着划线纯化一下菌落,有很大可能是 ...

原因已经找到了,重新制备的感受态(菌株用的别的实验室的),现在5ml菌液可以提到400ng/ul, ~~感觉就是感受态的问题,,,果不其然~~
8楼2016-03-22 11:36:33
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ken19860823

木虫 (正式写手)

菌落pcr结果可以发来看看,然后楼主扩了几个阳性克隆

发自小木虫Android客户端
做基因修饰的老菜鸡
2楼2016-03-11 08:10:36
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kaka369

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-03-11 08:10:36
菌落pcr结果可以发来看看,然后楼主扩了几个阳性克隆

我挑了8个克隆,全部检测阳性。而且测序确实已经插进去了。。但是就是低拷贝了。。。。是菌的问题还是质粒的问题!?
3楼2016-03-11 10:02:19
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ken19860823

木虫 (正式写手)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-15 08:54:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by kaka369 at 2016-03-11 10:02:19
我挑了8个克隆,全部检测阳性。而且测序确实已经插进去了。。但是就是低拷贝了。。。。是菌的问题还是质粒的问题!?...

有的时候会出现质粒少的问题,不过看你什么作用,10ng每微升有点太小,跑胶都难看出来。应该不是拷贝的问题,就算一个拷贝都不能那么低啊。质粒低个五倍左右算极限了,一般这样只要浓缩一下就行,只要测序正确,中间的问题一般可以忽略。这里就是你10ng/ul测序都测不动啊,测序至少50ng/ul的。楼主还是得给多一点有用信息。(我做过测序)
做基因修饰的老菜鸡
4楼2016-03-11 12:12:47
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