应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 高拷贝质粒变成低拷贝，可能吗？！
91/1返回列表
查看: 4359  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kaka369

新虫 (小有名气)

[求助] 高拷贝质粒变成低拷贝，可能吗？！ 已有1人参与

最近用pGEM T-easy 构建了一个载体（在多克隆位点区插入大约4kb片段），总长度大约7KB，这个载体转入DH5a能狗很好的提取质粒，，5ML菌液可以提取50ul质粒，浓度达到468ng/ul， 实验室用的是OMEGA 质粒小提盒子，可是当我双酶切插入GFP（大约800bp）， 获得阳性克隆，提取质粒的时候遇到问题了，，质粒却成了低拷贝，用5ml菌液最后浓度才10ng/ul, 我跟空载体同时做，发现空载体可以提的很好 （说明试剂盒没有问题），就是插入片段的质粒菌，浓度很低。这是什么原因？
推测：质粒太长？！不太可能
          DH5a菌株有问题？造成裂解有问题？！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-03-11 05:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken19860823

木虫 (正式写手)
菌落pcr结果可以发来看看，然后楼主扩了几个阳性克隆

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
做基因修饰的老菜鸡
2楼2016-03-11 08:10:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaka369

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-03-11 08:10:36
菌落pcr结果可以发来看看，然后楼主扩了几个阳性克隆

我挑了8个克隆，全部检测阳性。而且测序确实已经插进去了。。但是就是低拷贝了。。。。是菌的问题还是质粒的问题！？
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-11 10:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken19860823

木虫 (正式写手)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-15 08:54:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by kaka369 at 2016-03-11 10:02:19
我挑了8个克隆，全部检测阳性。而且测序确实已经插进去了。。但是就是低拷贝了。。。。是菌的问题还是质粒的问题！？...

有的时候会出现质粒少的问题，不过看你什么作用，10ng每微升有点太小，跑胶都难看出来。应该不是拷贝的问题，就算一个拷贝都不能那么低啊。质粒低个五倍左右算极限了，一般这样只要浓缩一下就行，只要测序正确，中间的问题一般可以忽略。这里就是你10ng/ul测序都测不动啊，测序至少50ng/ul的。楼主还是得给多一点有用信息。（我做过测序）
赞一下(1人) 回复此楼
做基因修饰的老菜鸡
4楼2016-03-11 12:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaka369

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-03-11 12:12:47
有的时候会出现质粒少的问题，不过看你什么作用，10ng每微升有点太小，跑胶都难看出来。应该不是拷贝的问题，就算一个拷贝都不能那么低啊。质粒低个五倍左右算极限了，一般这样只要浓缩一下就行，只要测序正确，中 ...

没有的，测序的浓度30ng/ul，就会给你测出来的。浓度再小，也可以侧，只不过背景信号很高，容易给你侧错或者出现N的情况~~你感觉是不是菌株的问题？！
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-15 02:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ken19860823

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kaka369 at 2016-03-15 02:59:41
没有的，测序的浓度30ng/ul，就会给你测出来的。浓度再小，也可以侧，只不过背景信号很高，容易给你侧错或者出现N的情况~~你感觉是不是菌株的问题？！...

菌株没问题，复制起点没突变我觉得都不会是菌株的问题。测序之前都要定量的，我们公司比较穷，都是肉眼定量的。我之前在武汉做的时候不会测50ng/ul以下的。因为公司有规定，返工成功率不能低于百分之85，这种明显写在测序单的硬性指标不会有人去挑战的。摇不起菌来在测序单位碰到的一般是噬菌体感染，如果你其他菌都没问题的话重新做一次吧，分子生物多做几次就知道哪里出问题了。
赞一下(1人) 回复此楼
做基因修饰的老菜鸡
6楼2016-03-15 09:16:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BAC 文库

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

质粒的拷贝数是有复制启始子和菌株决定的，一般情况下不会受插入片段的影响，除非你的插入片段中包括另外一个启动子或者致死基因等。GEM T-easy 是一类多功能型高拷贝载体，你尝试着划线纯化一下菌落，有很大可能是菌不纯导致的。
赞一下 回复此楼
7楼2016-03-22 09:11:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaka369

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by BAC 文库 at 2016-03-22 09:11:25
质粒的拷贝数是有复制启始子和菌株决定的，一般情况下不会受插入片段的影响，除非你的插入片段中包括另外一个启动子或者致死基因等。GEM T-easy 是一类多功能型高拷贝载体，你尝试着划线纯化一下菌落，有很大可能是 ...

原因已经找到了，重新制备的感受态（菌株用的别的实验室的），现在5ml菌液可以提到400ng/ul, ~~感觉就是感受态的问题，，，果不其然~~
赞一下 回复此楼
8楼2016-03-22 11:36:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15761622115

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by kaka369 at 2016-03-22 04:36:33
原因已经找到了，重新制备的感受态（菌株用的别的实验室的），现在5ml菌液可以提到400ng/ul, ~~感觉就是感受态的问题，，，果不其然~~...

你好，我现在也遇到相似的问题。DH5α转化pcDNA6/TR,转化后转化子、摇菌都很正常，就是提质粒的时候浓度特别低，别的质粒同样的条件，浓度挺高的。我重新转化了一次还是不行，摇床时间、菌量都改过，都不行。但是还没换过感受态，用的都是同一批感受态，看到你说的重新制备感受态，我想问一下是不是我的感受态出问题了，但是为什么别的质粒就可以提成功
赞一下 回复此楼
9楼2019-04-28 07:54:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kaka369 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +5 哈哈114477 2026-08-01 5/250 2026-08-08 15:14 by 仁砚薪传
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 15:07 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WQyTGMbfH7Cx 2026-08-07 4/200 2026-08-08 15:02 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +5 a089 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:04 by alian_214
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:01 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭