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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

[求助] 引物设计 已有4人参与

从NCBI上下了一个基因的序列,要从细菌中扩增整个序列,使用primer primer设计一对引物,请问一下在选择引物上下游位置的时候怎么填写?
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oceansr

新虫 (初入文坛)

2楼2016-03-01 15:40:15
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我用的primer5,手动的拖着看就好,调整一下长短,不废劲的。
3楼2016-03-01 16:15:17
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jackyoung

新虫 (正式写手)

你括增整个序列是什么意思?编码区还是全长cDNA序列?你查到的序列是个啥?先说清楚

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CestLaVie
4楼2016-03-02 08:34:26
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2016-03-01 16:15:17
我用的primer5,手动的拖着看就好,调整一下长短,不废劲的。

这张图片中这个引物的上下游位置怎么确定?
引物设计
图片1.png

5楼2016-03-02 08:39:42
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:34:26
你括增整个序列是什么意思?编码区还是全长cDNA序列?你查到的序列是个啥?先说清楚

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true,这个是我找的基因,从细菌中扩增这段序列,用primer怎么设计引物?
6楼2016-03-02 08:44:17
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jackyoung

新虫 (正式写手)

CestLaVie
7楼2016-03-02 08:51:19
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 取个什么名啊 at 2016-03-02 08:39:42
这张图片中这个引物的上下游位置怎么确定?

图片1.png
...

你要是search的话主要是把扩增产物长度(PCR product size)改一下,你要是彻底扩增整个序列的话,就把产物大小放到最大,两个引物的位置可以不用管。我说的手动拖是在上一个界面上拖动引物位置就可以了。
8楼2016-03-02 09:03:03
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开心的加菲猫

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
CDS区本身就771个碱基,可以不选择,设计产物大小,引物大小就可以了
9楼2016-03-02 10:25:13
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2016-03-02 09:03:03
你要是search的话主要是把扩增产物长度(PCR product size)改一下,你要是彻底扩增整个序列的话,就把产物大小放到最大,两个引物的位置可以不用管。我说的手动拖是在上一个界面上拖动引物位置就可以了。...

好的我回去试一下,谢谢!

发自小木虫Android客户端
10楼2016-03-02 12:32:23
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