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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

[求助] 引物设计 已有4人参与

从NCBI上下了一个基因的序列，要从细菌中扩增整个序列，使用primer primer设计一对引物，请问一下在选择引物上下游位置的时候怎么填写？
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1楼 2016-03-01 15:11:53
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oceansr

新虫 (初入文坛)
坐等大神

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2楼2016-03-01 15:40:15
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我用的primer5，手动的拖着看就好，调整一下长短，不废劲的。
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3楼2016-03-01 16:15:17
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jackyoung

新虫 (正式写手)
你括增整个序列是什么意思？编码区还是全长cDNA序列？你查到的序列是个啥？先说清楚

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CestLaVie
4楼2016-03-02 08:34:26
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2016-03-01 16:15:17
我用的primer5，手动的拖着看就好，调整一下长短，不废劲的。

这张图片中这个引物的上下游位置怎么确定？
引物设计
图片1.png
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5楼2016-03-02 08:39:42
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jackyoung at 2016-03-02 08:34:26
你括增整个序列是什么意思？编码区还是全长cDNA序列？你查到的序列是个啥？先说清楚

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... amp;amp;strand=true，这个是我找的基因，从细菌中扩增这段序列，用primer怎么设计引物？
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6楼2016-03-02 08:44:17
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jackyoung

新虫 (正式写手)
我手机…

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CestLaVie
7楼2016-03-02 08:51:19
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 取个什么名啊 at 2016-03-02 08:39:42
这张图片中这个引物的上下游位置怎么确定？

图片1.png
...

你要是search的话主要是把扩增产物长度（PCR product size）改一下，你要是彻底扩增整个序列的话，就把产物大小放到最大，两个引物的位置可以不用管。我说的手动拖是在上一个界面上拖动引物位置就可以了。
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8楼2016-03-02 09:03:03
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开心的加菲猫

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
CDS区本身就771个碱基，可以不选择，设计产物大小，引物大小就可以了
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9楼2016-03-02 10:25:13
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2016-03-02 09:03:03
你要是search的话主要是把扩增产物长度（PCR product size）改一下，你要是彻底扩增整个序列的话，就把产物大小放到最大，两个引物的位置可以不用管。我说的手动拖是在上一个界面上拖动引物位置就可以了。...

好的我回去试一下，谢谢！

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10楼2016-03-02 12:32:23
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