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envangline

新虫 (初入文坛)

[求助] 求酵母菌 ITS区 PCR 引物及反应条件 已有1人参与

求! 真菌(主要是酵母及酵母样真菌)pcr扩增 ITS区 条件和引物序列 和 PCR条件? 用于测序鉴定用的我用的ITS1 和 ITS4引物 ,文献中查到的序列 各一条 没有上下游区分;预变性94度 3min,变性94度30s和1min都试过,退火时间30s和1min都试过,梯度退火50度-60度 都没扩增出来;换了别人的taq酶没扩增出来,也换了PCR仪 都没有扩增出来,电泳一片空白
请教各位,我哪里出现问题了呀?
各位谁做过真菌 ITS?可以告诉我你们的引物序列吗?还有反应条件 谢谢啦!
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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我用的是分子克隆上的快速提取法提酵母基因组,没什么问题。大于2.1对于PCR扩增影响不大!变性时间一般30S就够了,退火温度楼主看一下两个引物的Tm值,再上下加减5度做一个梯度PCR就可以找到最适退火温度了。延伸时间看的是你产物长度,一般1~2kb/min。最好调整一下模板至终浓度20ng/μl,用的时候加1~2μl足够了,一般模板浓度不是特别高的话影响不大的。电泳的时候Marker有条带吗?如果有就不是电泳的问题了。Loading buffer降解也会使电泳条带看不到或弥散。一个一个问题进行排除吧。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2016-03-07 14:02:45
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envangline

新虫 (初入文坛)

还有啊 我提取的DNA OD值高,提了几次都是大于2.1。我买的是生工地柱氏提取试剂盒,你们用的什么方法提真菌DNA的?

跪谢各位!
2楼2016-02-26 13:59:18
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Bioexperixgs

新虫 (正式写手)

好像试剂盒提的基因组OD比值会高一点,但不影响PCR
4楼2016-03-07 14:03:51
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envangline

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Bioexperixgs at 2016-03-07 14:02:45
我用的是分子克隆上的快速提取法提酵母基因组,没什么问题。大于2.1对于PCR扩增影响不大!变性时间一般30S就够了,退火温度楼主看一下两个引物的Tm值,再上下加减5度做一个梯度PCR就可以找到最适退火温度了。延伸时 ...

谢谢!marker是有的,我调整下模版量再试试

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-03-30 14:02:46
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