用Gromacs模拟了分子链数量为64每条链聚合度为20的聚苯乙烯，盒子为6.25nm的正方形盒子，系综NVT，在xyz方向上设置了周期性...可是我用trjconv-pbcnojump处理xtc轨迹然后再计算差别还是很大。

然后用1.trjconv-stopol.tpr-ftraj.xtc-onoPBC.xtc-pbcmol-urcompact-center2.trjconv-stopol.tpr-fnoPBC.xtc-ofit.xtc-fitrot+trans处理文件。出现几个问题，像大神求助。（我的体系是乙醇...

研究蛋白质的聚集，初始用genbox命令在盒子中加入许多蛋白单体，加入后许多都是在...由于从一开始许多单体就是跨边界的，所以应用trjconv-f-s-o-pbcmol-urcompact-center的效果并不理想……

我使用Gromacs跑的md，想取出一些能量较低点的结构使用的命令是：trjconv-fXX.xtc-sXX.tpr-bX-eX-oX.gro然后选择group（1），显示如下：Willwritegro:CoordinatefileinGromos-87...

小分子和蛋白的相互作用的动力学过程中，蛋白跑到盒子外面了，用trjconv-f.xtc-s.tpr-onew.xtc-pbcmol-urcompact这个命令将蛋白移到盒子里面去了，但是怎样计算移到盒子里面后各种能量值。...

使用trjconv命令将坐标调整到中心，那么以后的分析结果是否收到影响，还有为什么用ligplot得到的氢键情况和gromacs得到的氢键情况不完全一样……

求教如何用trjconv命令等间隔地输出pdb，比如输出，0ps,2ps,4ps,6ps的构型呢？

用g_dist-f*.trr-ndist.xvg-o*.xvg-b0-e1000...轨迹转换的时候试过trjconv-pbcmol把分子放到盒子中，但依旧会出现相同的问题，请问应该如何解决，说具体点，谢谢！g_dist示意图.jpgg_dist.jpg

想把分子移到水盒子内部，用这个命令trjconv-fin.trr-stopol.tpr-pbcmol-center-oout.trr单分子还是有露在box外面的部分，请问如何把分子全都整进去啊？请说详细点儿，谢谢！之前发了个求助...

如果还想更快，可以使用trjconv把水分子去掉。这一个重复的模拟也产生轨迹文件，重要的是，还产生一个新的ener.edr文件，这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量（库伦...

动力学模拟，我的trr文件数据太大，太多。md跑了5ns，dt取了0.002。作图图形太密，不好分析，请问怎么用命令提取一部分数据来形成新文件...貌似可以用trjconv命令。谢谢了。表达不好，请见谅。