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zhangjx818

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[求助] gromacs模拟计算PS均方末端距和均方回转半径

用Gromacs模拟了分子链数量为64每条链聚合度为20的聚苯乙烯，盒子为6.25nm的正方形盒子，系综NVT，在xyz方向上设置了周期性边界条件，跑完用gromacs自带的程序分析均方末端距 $Re^2$ 和均方回转半径 $Rg^2$ 分别为5.541和0.943，但是用自己写的C程序通过读取每帧每条链的原子坐标，然后计算每条分子链头尾距离的平方最后取平均得出的Re^2=18.197 ，计算每个单体的质心坐标与分子链质心坐标的距离平方然后取平均值得出的Rg^2为6.264，所以与用gromacs自带的程序分析得出的值差别很大，是因为我写的C程序没考虑周期性边界条件的影响么？可是我用trjconv -pbc nojump处理xtc轨迹然后再计算差别还是很大。

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1楼 2021-01-19 10:19:03

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