应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » trjconv把分子移到水盒子内部
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
31/1返回列表
查看: 676  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] trjconv把分子移到水盒子内部

想把分子移到水盒子内部，用这个命令
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc mol -center -o out.trr
单分子还是有露在box外面的部分，请问如何把分子全都整进去啊？请说详细点儿，谢谢！
之前发了个求助帖子，但后来不能网上传图了，不够形象，现在配上图，麻烦高手回复一下，谢谢！

tu.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
奋斗中的小木虫
1楼 2012-10-15 12:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-29 20:24:04
试试用两次trjconv

第一次：
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc whole -center -o out.trr

第二次：（在第一次得到的轨迹之上）
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc nojump -o out.trr
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-29 20:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

几个问题：
1、根据你的命令来看，图应该是你运行一段时间之后的轨迹吧？你是否使用的是周期边界调节？如果是的话，那个分子显示在盒子外面是正常的。
2、如果你强制人工把分子移动到盒子里面，可能会引起 bad contact ，引起运行出错。
3、不妨把盒子设置大一些，多添加些水，然后把分子放在中间

ps： 在VMD中输入命令：
package require pbctools
pbc box

可以把盒子显示出来，这样方便你调节分子在盒子中的位置。
赞一下 回复此楼
3楼2012-10-30 09:52:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengsk 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突， 2026-03-31 4/200 2026-04-04 13:34 by 1753564080
[考研] 301求调剂 +16 骆驼男人 2026-04-02 16/800 2026-04-04 11:59 by asdhh1991
[考研] 一志愿C9的化学工程（085602） 340分，感觉校内调剂无望，求调剂 +9 万事宜臻 2026-04-04 9/450 2026-04-04 11:49 by 啵啵啵0119
[考研] 求调剂 +3 wos666 2026-04-03 3/150 2026-04-04 05:16 by gswylq
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +39 洛神哥哥 2026-03-31 41/2050 2026-04-03 21:51 by qlm5820
[考研] 327求调剂 +9 小卡不卡. 2026-03-29 9/450 2026-04-03 19:48 by 百灵童888
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:28 by jiouuu
[考研] 298求调剂 +5 种圣赐 2026-03-28 5/250 2026-04-03 12:26 by xingguangj
[考研] 建环，能源，土木老师路过看一看！！！ +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 279求调剂 +6 qazplm0852 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:03 by 蓝云思雨
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿山东大学化学与化工学院材料与化工专硕，360分求调剂 +4 不愿透露姓名的� 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:29 by 遗忘消失的灆
[考研] 求调剂！生物与医药专硕 +4 逆转陆先生 2026-04-01 5/250 2026-04-03 08:33 by Jaylen.
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
[考研] 322求调剂 +5 熹僖XX 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:08 by 求调剂zz
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 一志愿安徽大学计算机科学与技术学硕，331分求调剂 +5 蒋昌鹏qtj 2026-04-01 5/250 2026-04-02 08:10 by fxue1114
[考研] 070300化学专业279调剂 +10 哈哈哈^_^ 2026-03-31 10/500 2026-03-31 23:13 by liu823948201
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 麦恩莉. 2026-03-30 4/200 2026-03-31 14:35 by 记事本2026
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭