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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » trjconv把分子移到水盒子内部
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] trjconv把分子移到水盒子内部

想把分子移到水盒子内部，用这个命令
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc mol -center -o out.trr
单分子还是有露在box外面的部分，请问如何把分子全都整进去啊？请说详细点儿，谢谢！
之前发了个求助帖子，但后来不能网上传图了，不够形象，现在配上图，麻烦高手回复一下，谢谢！

tu.jpg
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-10-15 12:24:50
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-29 20:24:04
试试用两次trjconv

第一次：
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc whole -center -o out.trr

第二次：（在第一次得到的轨迹之上）
trjconv -f in.trr -s topol.tpr -pbc nojump -o out.trr
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2楼2012-10-29 20:19:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

几个问题：
1、根据你的命令来看，图应该是你运行一段时间之后的轨迹吧？你是否使用的是周期边界调节？如果是的话，那个分子显示在盒子外面是正常的。
2、如果你强制人工把分子移动到盒子里面，可能会引起 bad contact ，引起运行出错。
3、不妨把盒子设置大一些，多添加些水，然后把分子放在中间

ps： 在VMD中输入命令：
package require pbctools
pbc box

可以把盒子显示出来，这样方便你调节分子在盒子中的位置。
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3楼2012-10-30 09:52:53
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