SYMBALUK/BERESKA(Author)SOCIOLOGYINACTION4ETopHat2018...且可复制978-1774128435

TopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]PlantBioinformaticsinfo'.3.'][info4]2016info'.4.'][info5]1374:339-61info'.5.'][info6]10.1007/978-1-4939-3167-5_18.info'.6.']...

在做cuffdiff之前一般都会先做cufflinks和cuffmerge来生成样品的转录本注释文件，这个注释文件会在cuffdiff中被使用到，那么我可否不使用这个注释文件，直接用之前tophat使用的全基因组注释...

experimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NatureProtocolsinfo'.3.'][info4](2012)info'.4.'][info5]7,562–578info'.5.'][info6]doi:10.1038/nprot.2012.016...

ofRNA-seqexperimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NatureProtocolsinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]7,562–578info'.5.'][info6]10.1038/nprot.2012....

（2）掌握一种或多种编程语言，能熟练运用blast.soap.bowtie.clustal.bwa，soapdenovo.velvet，trinity.tophat+cufflinks等组学研究软件，并对新软件、新方法具有良好的学习能力；...

我想用自己macbookpro学习分析RNAseq的数据，但是装上tophat，bowtie等软件之后，在开始运行的时候总是显示commandnotfound，请问有大神可以帮忙解决吗？是我装软件装的不对吗？

RNA-SeqDataUsingTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]MethodsinMolecularBiologyinfo'.3.'][info4]2016;1374:339-61.info'.4.'][info5]pp339-361info'.5.'][info6]doi:10...

bowtie2-build后运行tophat总是出现如图中的问题，如果把注释文件去掉后可正常运行，求大神指点！

tophat之类的软件分析，写代码不是lz强项，想请教各位有没有更加userfriendly的软件（免费版）的可共分享，如CLCGenomicworkbench，期待有经验的老师或者同学答疑解惑。

expressionanalysisofRNA-seqexperimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NatureProtocolsinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]7,562–578info'.5.']

experimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NATUREPROTOCOLSinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]NatureProtocols7,562–578info'.5.'][info7]...

ofRNA-seqexperimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NatureProtocolsinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]7,562–578info'.5.'][info6]10.1038/nprot.2012....

使用TOPHAT比对7.6.使用SAMTOOLS操作SAM文件7.7.使用PICARD操作SAM文件8.VARIANTS分析8.1.VCF格式介绍8.2.使用GATK进行VARIANTSCALLING8.3.使用SAMTOOLS进行VARIANTSCALLING8.4.结合GATK和...

FDTD计算远场分布时，其中远场设置中的illumination中Tophat是什么意思？

ofRNA-seqexperimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]NATUREPROTOCOLSinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]7,562–578info'.5.'][info6]doi:10.1038/nprot....

[info1]ColeTrapnell,Adam...ofRNA-seqexperimentswithTopHatandCufflinksinfo'.2.'][info3]natureprotocolsinfo'.3.'][info4]2012info'.4.'][info5]562–578(2012)info'.5.']

求大神支招

我有一些问题请教·谢谢~

tophat-p4-Ggenes.gtf-oC1_R1_thoutgenomeGSM794483_C1_R1_1.fqGSM794483_C1_R1_2.fq[2014-10-2213:40:45]BeginningTopHatrun(v2.0.13)-[2014-10-2213:40:45]...2.2.3.0[2014-10-2213:40:45]...

最近刚刚接触高通量测序，语言基础几乎为0，在安装TOPHAT遇到些问题，我是完全按照TOPHAT的流程进行安装。主要问题是我没有Root权限（实验室怕我们乱装东西吧），不能在根目录下拷贝装东西...

植物转录组高通量测序数据，做差异表达分析，用tophat-cufflinks，cufflinks运行完成后得到的transcripts.gtf为0，报错如下：SAMerroronline33727900:CIGARophaszerolengthSAMerroronline...

SampleTextSampleText如何从tophat生成的accepted.bam中分析有多少uniquereads数和multiplemapped.？总共多少reads数急求！希望能贴出详细步骤和命令啊，刚学不久，小白一个

从sra上下载了Ovisaries(sheep)的RNA-Seq数据，准备用Cufflinks和tophat得到基因表达水平，根据文章（DifferentialgeneandtranscriptexpressionanalysisofRNA-...下载处理好的基因组数据和注释...

Iain'tmissin'notasinglething.Andcufflinks,stickpin,babywhenIstepoutI'mgonnadoyouin.Theycomerunnin'justasfastastheycancozeverygirlcrazy'boutasharpdressedman.Topcoat,tophat,...