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emanlee木虫 (小有名气)
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如何处理得到igenomes上那种格式的gtf,ebwt数据
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从sra上下载了Ovis aries (sheep)的RNA-Seq数据，准备用Cufflinks和tophat得到基因表达水平， 根据文章（Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks）介绍的步骤，首先要从 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 下载处理好的基因组数据和注释数据， 我现在处理的是Ovis aries (sheep)数据，在 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上没有Ovis aries (sheep)， 请问，如何处理得到 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上那种格式的gtf,ebwt数据？ |
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2楼2013-04-18 22:43:51
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how to get a gtf file for cufflinks http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=13625 |
3楼2013-04-18 22:45:18