应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理得到igenomes上那种格式的gtf,ebwt数据
31/1返回列表
查看: 508  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

emanlee

木虫 (小有名气)

[求助] 如何处理得到igenomes上那种格式的gtf,ebwt数据

从sra上下载了Ovis aries (sheep)的RNA-Seq数据，准备用Cufflinks和tophat得到基因表达水平，
根据文章（Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks）介绍的步骤，首先要从 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 下载处理好的基因组数据和注释数据，
我现在处理的是Ovis aries (sheep)数据，在 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上没有Ovis aries (sheep)，
请问，如何处理得到 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上那种格式的gtf,ebwt数据？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-04-18 15:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
已经查到 ebwt 可以用bowtie-build 和 genome sequece 来做。
没有查到 genes.gtf 怎么做。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-18 22:43:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emanlee

木虫 (小有名气)
★ ★
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享 2013-04-19 08:17:40
how to get a gtf file for cufflinks
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=13625
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-18 22:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 emanlee 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭