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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » TopHat初学者 Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2)
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BioChen

银虫 (正式写手)

[求助] TopHat初学者 Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2) 已有1人参与

tophat -p 4 -G genes.gtf -o C1_R1_thout genome GSM794483_C1_R1_1.fq GSM794483_C1_R1_2.fq

[2014-10-22 13:40:45] Beginning TopHat run (v2.0.13)
-----------------------------------------------
[2014-10-22 13:40:45] Checking for Bowtie
                  Bowtie version:         2.2.3.0
[2014-10-22 13:40:45] Checking for Bowtie index files (genome)..
Error: Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2)
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1楼 2014-10-22 13:50:44
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七叔118

新虫 (初入文坛)
解决了吗？我也遇到同样问题，bowtie2-build genome.fasta index也跑了，但还是提示找不到，生成的bt2文件需要放到什么位置？
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6楼2015-05-12 09:00:23
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医羊蹲错

新虫 (初入文坛)
我已经搞定这个问题了
具体解决方法如下：
index必须与待匹配的read.fastq文件放在同一个目录下，方可开始匹配。
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12楼2015-10-09 11:14:29
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普通回帖

wawa_eva

新虫 (初入文坛)
先用bowtie2建库
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2楼2014-10-22 15:31:08
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wawa_eva

新虫 (初入文坛)
bowtie2-build genome.fasta index
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3楼2014-10-22 15:33:42
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BioChen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wawa_eva at 2014-10-22 15:31:08
先用bowtie2建库

我是下载的bt2文件，还需要建库吗？
网上有人说是路径问题，到底要把这些bt2文件放到哪里呢？
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4楼2014-10-22 21:51:01
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
BioChen: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 谢谢帮助。我了个去，居然最后的原因是文件没有拷贝完全，我把下载的index文件夹里面全部文件拷贝之后，没有问题了。 2014-10-23 14:03:26
你下载了几个bt2文件？名字是什么？
根据manual
The basename of the genome index to be searched. The basename is the name of any of the index files up to but not including the first period. Bowtie first looks in the current directory （第一看当前目录） for the index files, then looks in the indexes subdirectory （第二看bowtie所在目录的indexes子目录） under the directory where the currently-running bowtie executable is located, then looks in the directory specified in the BOWTIE_INDEXES  (or BOWTIE2_INDEXES) environment variable（或者设置BOWTIE2_INDEXES环境变量）.
Please note that it is highly recommended that a FASTA file with the sequence(s) the genome being indexed be present in the same directory with the Bowtie index files and having the name <genome_index_base>.fa. If not present, TopHat will automatically rebuild this FASTA file from the Bowtie index files.
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5楼2014-10-23 06:58:45
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romanticy

新虫 (初入文坛)
遇到跟你同样的问题。请问怎么解决啊！！！
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7楼2015-05-16 00:55:41
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小黄鹂124

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by romanticy at 2015-05-16 00:55:41
遇到跟你同样的问题。请问怎么解决啊！！！

你们都解决了吗？求救
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8楼2015-06-02 11:07:05
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sicau3339

铁虫 (初入文坛)
用bowtie2建完索引之后，将生成的  .1.bt2 、 .2.bt2 、.3.bt2、.4.bt2、.rev.1.bt2 、.rev.2.bt2 这六个文件与基因组参考序列文件 .fa 放在统一文件夹中！！！！！！！！！！！！！！！
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9楼2015-09-21 09:09:46
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石念小石头

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sicau3339 at 2015-09-21 09:09:46
用bowtie2建完索引之后，将生成的  .1.bt2 、 .2.bt2 、.3.bt2、.4.bt2、.rev.1.bt2 、.rev.2.bt2 这六个文件与基因组参考序列文件 .fa 放在统一文件夹中！！！！！！！！！！！！！！！

我的相关文件都是在同一个目录中的啊，但是就是这个问题。
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10楼2015-09-26 19:06:49
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