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TopHat初学者 Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2) 已有1人参与
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tophat -p 4 -G genes.gtf -o C1_R1_thout genome GSM794483_C1_R1_1.fq GSM794483_C1_R1_2.fq [2014-10-22 13:40:45] Beginning TopHat run (v2.0.13) ----------------------------------------------- [2014-10-22 13:40:45] Checking for Bowtie Bowtie version: 2.2.3.0 [2014-10-22 13:40:45] Checking for Bowtie index files (genome).. Error: Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2) |
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wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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BioChen: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 谢谢帮助。我了个去，居然最后的原因是文件没有拷贝完全，我把下载的index文件夹里面全部文件拷贝之后，没有问题了。 2014-10-23 14:03:26
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你下载了几个bt2文件？名字是什么？ 根据manual The basename of the genome index to be searched. The basename is the name of any of the index files up to but not including the first period. Bowtie first looks in the current directory （第一看当前目录） for the index files, then looks in the indexes subdirectory （第二看bowtie所在目录的indexes子目录） under the directory where the currently-running bowtie executable is located, then looks in the directory specified in the BOWTIE_INDEXES (or BOWTIE2_INDEXES) environment variable（或者设置BOWTIE2_INDEXES环境变量）. Please note that it is highly recommended that a FASTA file with the sequence(s) the genome being indexed be present in the same directory with the Bowtie index files and having the name <genome_index_base>.fa. If not present, TopHat will automatically rebuild this FASTA file from the Bowtie index files. |
5楼2014-10-23 06:58:45
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