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医羊蹲错

新虫 (初入文坛)

回帖摘要:并未解决此问题,排除一种解决方法。
我也是这个问题,我在服务器里做的,修改环境变量BOWTIE2_INDEXS是直接用Linux改吗?
我在命令行输入
echo $BOWTIE2_INDEXS
之后返回的是个空的值,于是我自行设置环境变量BOWTIE2_INDEXS,加入我的index所在的目录,然而并没有什么用。。。
11楼2015-10-04 22:04:32
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医羊蹲错

新虫 (初入文坛)

我已经搞定这个问题了
具体解决方法如下:
index必须与待匹配的read.fastq文件放在同一个目录下,方可开始匹配。
12楼2015-10-09 11:14:29
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那么多

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 医羊蹲错 at 2015-10-09 11:14:29
我已经搞定这个问题了
具体解决方法如下:
index必须与待匹配的read.fastq文件放在同一个目录下,方可开始匹配。

你好,终于找到同路人啦!我目前也在分析RNAseq数据,也遇到相同问题,想想你请教一下,你的意思是把bowtieindex和已经测得的.fq文件放在同一个文件里吗?你所谓的同一个目录是什么意思?因为目录里还有许多目录,这点比较困惑!期待你的帮助啊!
13楼2016-01-04 16:21:12
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