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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » TopHat初学者 Could not find Bowtie 2 index files (genome.*.bt2)
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医羊蹲错

新虫 (初入文坛)
回帖摘要：并未解决此问题，排除一种解决方法。
我也是这个问题，我在服务器里做的，修改环境变量BOWTIE2_INDEXS是直接用Linux改吗？
我在命令行输入
echo $BOWTIE2_INDEXS
之后返回的是个空的值，于是我自行设置环境变量BOWTIE2_INDEXS,加入我的index所在的目录，然而并没有什么用。。。
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11楼2015-10-04 22:04:32
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医羊蹲错

新虫 (初入文坛)
我已经搞定这个问题了
具体解决方法如下：
index必须与待匹配的read.fastq文件放在同一个目录下，方可开始匹配。
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12楼2015-10-09 11:14:29
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那么多

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 医羊蹲错 at 2015-10-09 11:14:29
我已经搞定这个问题了
具体解决方法如下：
index必须与待匹配的read.fastq文件放在同一个目录下，方可开始匹配。

你好，终于找到同路人啦！我目前也在分析RNAseq数据，也遇到相同问题，想想你请教一下，你的意思是把bowtieindex和已经测得的.fq文件放在同一个文件里吗？你所谓的同一个目录是什么意思？因为目录里还有许多目录，这点比较困惑！期待你的帮助啊！
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13楼2016-01-04 16:21:12
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