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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 运行tophat过程中不能找到index文件
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
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1楼 2016-02-20 09:35:38
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
建议你求助的时候，至少把使用的命令行也贴上。
另外，第一张截图像素太低，看不清。
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2楼2016-02-20 10:17:08
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
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3楼2016-02-20 14:01:53
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ysx0226

金虫 (小有名气)
tophat和bowtie2的版本可能不兼容？不知道……
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4楼2016-02-20 18:42:52
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jackyoung

新虫 (正式写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:27:56
你检查下你的gff文件 看看跟建立index的基因组序列是否对应，比如染色体编号，序列长度等等。一般是不对应引起的

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CestLaVie
5楼2016-02-21 00:18:57
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
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6楼2016-02-21 10:30:33
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
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7楼2016-02-21 10:30:55
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jackyoung

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuyang0801 at 2016-02-21 10:30:33
染色体编号是一样的，长度怎么确定呢？能指导一下吗？
...

主要是看看有没有超范围的注释，比如实际长度5000，注释里来了个8000

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liuyang0801 liuyang0801
CestLaVie
8楼2016-02-21 12:24:35
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
送红花一朵
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9楼2016-02-21 22:14:04
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liuyang0801

禁虫 (著名写手)
送红花一朵
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10楼2016-02-23 09:32:42
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