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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】用MS如何设定某个原子的所带的电荷
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冻冻2007

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用MS如何设定某个原子的所带的电荷

用dmol软件，如果需要计算一个带电的体系，这个体系是由两部分组成。初始结构我设定其中一个小体系带电，一个小体系不带电。然后使两个小体系接触，优化结构，分析整个体系的带电情况。想问一下大家，如何设定体系中某个原子的带电情况。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 19:24 ]
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1楼 2008-10-08 09:05:54
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zhenben

铜虫 (初入文坛)
★
灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢支持小木虫
选中你要带电的原子，properties一栏中filter选择Atom第一项就是charge，双击就可以改了，试试吧
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2楼2008-10-08 09:16:31
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★
gromacs(金币+1,VIP+0):谢谢指点
还有个比较好的做法：就是选中该原子之后，选择modify菜单下electronic configuration也可以修改该原子的电荷，并且你修改后的原子的电子结构会直接给出
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3楼2008-10-08 10:57:50
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dezhi603

木虫 (小有名气)
你可以进行下电荷分析，然后选中你要该原子，在label中选charge就行了。
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4楼2008-10-08 11:18:52
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冻冻2007

铜虫 (小有名气)
谢谢大家的回复，我按照以上说的方法改变了初始结构中某些原子的电荷，然后在calculation的对话框中将charge选项改成了所有电荷的总值，然后进行单点能计算发现：只要是单胞中总的电荷相同，即calculation对话框中charge选项中的值相同，不论初始结构中选择的是哪一个部分带电，最后计算得到的每个原子的Hirshfeld charge都是相同。而这应该是不对的。比如一个带电的离子吸附到一个不带电的表面和一个不带电的原子吸附到一个带电的表面，最后的结果应该是不同的。请问大家是怎么看的？有没有遇到过这个问题？

[ Last edited by 冻冻2007 on 2008-10-9 at 08:17 ]
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5楼2008-10-08 15:05:20
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acridine

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhenben at 2008-10-8 09:16:
选中你要带电的原子，properties一栏中filter选择Atom第一项就是charge，双击就可以改了，试试吧

这个方法在dmol中好用吗？
dmol模块下不能设置原子带电吧，只能设置体系总电荷
想一下DFT的原理，对体系增加一个电荷很容易办到，占据数加1就可以了。而如果对某个原子增加电荷，需要在DFT自洽计算的同时，约束一个电子局域在这个原子周围，这个就不容易了，Dmol的理论介绍中好像也没有提到这个。
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6楼2008-10-08 19:53:11
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冻冻2007

铜虫 (小有名气)
照楼上的说法，在Dmol中，只能设置体系总的电荷，而在初始结构中，设置某个原子
的电荷是没有意义的。对吗？
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7楼2008-10-09 08:20:51
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)
★
gromacs(金币+1,VIP+0):谢谢指点
设置某个原子的电荷没多大意义的，即使是你说的吸附情况，最终电荷还是要被整个体系共有，反正最后的体系结构你还是要优化的
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8楼2008-10-09 09:27:17
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冻冻2007

铜虫 (小有名气)
谢谢大家，通过测试发现在Dmol中，只有对整体加电荷是有意义的。
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9楼2008-10-09 10:58:21
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