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日落沙发

新虫 (小有名气)

[求助] 测序最前面一段基因测不出来,无法判断重组质粒是否正确 已有3人参与

上面一排是正确的从ncbi上查到的目的序列,下面一排是测序的未知序列。
根据比对结果看出,未知序列的1位对应目的序列的47位,那是不是意味着未知序列上没有目的序列的前47位?
求解。

测序最前面一段基因测不出来,无法判断重组质粒是否正确


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thinka

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:16:46
首先你的测序引物离下边一行第一个碱基的预测距离是多少?
其次,如果不是测序引物的问题,那测序的原始文件你有么,有些公司测得不太好会在你引物下游20多 和100多碱基处产生两个染料和试剂峰,他们在处理的时候会给你截掉,实际是测出来了。拿到原始.ab1文件就知道了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-01-29 16:46:43
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日落沙发

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by thinka at 2016-01-29 16:46:43
首先你的测序引物离下边一行第一个碱基的预测距离是多少?
其次,如果不是测序引物的问题,那测序的原始文件你有么,有些公司测得不太好会在你引物下游20多 和100多碱基处产生两个染料和试剂峰,他们在处理的时候会 ...

首先,引物距离下面一行第一个有30左右,这应该不算是引物的问题吧,测序应该测出引物后面所有的碱基序列。
第二,你的意思是引物没问题,实际上公司也测出了那一部分,但可信度不高,所以没有以拼接序列的形式给我,对吧

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3楼2016-01-29 20:55:01
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sloop112

禁虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:17:05
本帖内容被屏蔽

4楼2016-02-02 08:28:20
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1272356152

新虫 (正式写手)

5楼2016-02-02 11:44:41
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日落沙发

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sloop112 at 2016-02-02 08:28:20
LZ,你的比对情况并不是说明未知序列上没有目的序列的前47位,序列比对软件会尽可能显示高配率的,反而说明测出来的序列是与NCBI的数据吻合的,你只需要查看你目的基因与测序列比对数据即可

谢谢~~~~

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6楼2016-02-02 18:37:53
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日落沙发

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 1272356152 at 2016-02-02 11:44:41
这个是准确的

谢谢~~~~

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7楼2016-02-02 18:38:06
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zjrzj520

新虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:17:32
首先,你需要比对的序列是测序所得的结果,与NCBI进行比对,未知序列的1位对应目的序列的47位只能说明一个情况:就是你已测的序列与目标序列的47位匹配。表明你的未知序列可能并没完全测通
如果没有测通的话,可以让测序公司根据的你的已知序列进行引物合成,病进行反向测序。

希望对你有帮助
坚持
8楼2016-02-02 23:50:39
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zjrzj520

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先,你需要比对的序列是测序所得的结果,与NCBI进行比对,未知序列的1位对应目的序列的47位只能说明一个情况:就是你已测的序列与目标序列的47位匹配。表明你的未知序列可能并没完全测通
如果没有测通的话,可以让测序公司根据的你的已知序列进行引物合成,病进行反向测序。

希望对你有帮助
坚持
9楼2016-02-02 23:51:05
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1272356152

新虫 (正式写手)

10楼2016-02-02 23:57:44
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