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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 测序最前面一段基因测不出来，无法判断重组质粒是否正确
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日落沙发

新虫 (小有名气)

[求助] 测序最前面一段基因测不出来，无法判断重组质粒是否正确 已有3人参与

上面一排是正确的从ncbi上查到的目的序列，下面一排是测序的未知序列。
根据比对结果看出，未知序列的1位对应目的序列的47位，那是不是意味着未知序列上没有目的序列的前47位？
求解。

测序最前面一段基因测不出来，无法判断重组质粒是否正确


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1楼 2016-01-29 14:14:10
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thinka

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:16:46
首先你的测序引物离下边一行第一个碱基的预测距离是多少？
其次，如果不是测序引物的问题，那测序的原始文件你有么，有些公司测得不太好会在你引物下游20多 和100多碱基处产生两个染料和试剂峰，他们在处理的时候会给你截掉，实际是测出来了。拿到原始.ab1文件就知道了。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

日落沙发
2楼2016-01-29 16:46:43
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日落沙发

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by thinka at 2016-01-29 16:46:43
首先你的测序引物离下边一行第一个碱基的预测距离是多少？
其次，如果不是测序引物的问题，那测序的原始文件你有么，有些公司测得不太好会在你引物下游20多 和100多碱基处产生两个染料和试剂峰，他们在处理的时候会 ...

首先，引物距离下面一行第一个有30左右，这应该不算是引物的问题吧，测序应该测出引物后面所有的碱基序列。
第二，你的意思是引物没问题，实际上公司也测出了那一部分，但可信度不高，所以没有以拼接序列的形式给我，对吧

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3楼2016-01-29 20:55:01
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sloop112

禁虫 (小有名气)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:17:05
本帖内容被屏蔽
4楼2016-02-02 08:28:20
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1272356152

新虫 (正式写手)
这个是准确的

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5楼2016-02-02 11:44:41
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日落沙发

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sloop112 at 2016-02-02 08:28:20
LZ，你的比对情况并不是说明未知序列上没有目的序列的前47位，序列比对软件会尽可能显示高配率的，反而说明测出来的序列是与NCBI的数据吻合的，你只需要查看你目的基因与测序列比对数据即可

谢谢~~~~

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6楼2016-02-02 18:37:53
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日落沙发

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 1272356152 at 2016-02-02 11:44:41
这个是准确的

谢谢~~~~

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7楼2016-02-02 18:38:06
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zjrzj520

新虫 (小有名气)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-23 07:17:32
首先，你需要比对的序列是测序所得的结果，与NCBI进行比对，未知序列的1位对应目的序列的47位只能说明一个情况：就是你已测的序列与目标序列的47位匹配。表明你的未知序列可能并没完全测通
如果没有测通的话，可以让测序公司根据的你的已知序列进行引物合成，病进行反向测序。

希望对你有帮助
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坚持
8楼2016-02-02 23:50:39
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zjrzj520

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，你需要比对的序列是测序所得的结果，与NCBI进行比对，未知序列的1位对应目的序列的47位只能说明一个情况：就是你已测的序列与目标序列的47位匹配。表明你的未知序列可能并没完全测通
如果没有测通的话，可以让测序公司根据的你的已知序列进行引物合成，病进行反向测序。

希望对你有帮助
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坚持
9楼2016-02-02 23:51:05
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1272356152

新虫 (正式写手)
加我扣扣我帮你判读

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10楼2016-02-02 23:57:44
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