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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps read data后给原子分组的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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pxjdal

新虫 (小有名气)

[求助] Lammps read data后给原子分组的问题 已有1人参与

请教大家一个问题，我看lammps例句大多数是直接建结构，然后根据region block来分区域，分group。我想问如果是read data得到初始结构，怎么根据region来分区域，分group呢？我在手册上看到group 可以是id< number.来分。可以根据x坐标的大小来分吗？如果我想将读出来的结构x小于A分一组，大于等于A分一组要如何写in文件呢？
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1楼 2016-01-24 13:56:13
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zhuuyaoo

金虫 (著名写手)
祝好

发自小木虫Android客户端
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

pxjdal
2楼2016-01-24 14:43:50
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pxjdal: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-01-24 21:39:22
读了data后再分组不是一样的么？也是先region在group啊
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3楼2016-01-24 18:18:44
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pxjdal

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-01-24 18:18:44
读了data后再分组不是一样的么？也是先region在group啊

再请教一下，我用read_data读入坐标后，用region分组，输入指令为：
region 1 block INF -55 INF INF INF INF
region 2 block -54 INF INF INF INF INF

结果报错 ERROR: Use of region with undefined lattice.
这是为什么呢？
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4楼2016-01-24 21:57:52
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pxjdal

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhuuyaoo at 2016-01-24 14:43:50
祝好

谢谢
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5楼2016-01-24 21:58:19
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pxjdal at 2016-01-24 21:57:52
再请教一下，我用read_data读入坐标后，用region分组，输入指令为：
region 1 block INF -55 INF INF INF INF
region 2 block -54 INF INF INF INF INF

结果报错 ERROR: Use of region with undefined lattic ...

read data以后还要从新设置一遍lattice参数的。
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6楼2016-01-25 14:27:06
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leijincheng

金虫 (小有名气)
只需要在region 1 block INF -55 INF INF INF INF后面加上units box这个keyword和value就好了。
region这个命令默认是拥有  units lattice，因为你没有设置lattice parameter所以会报错。默认情况下你这里的-55指的是-55*lattice constant，而不是绝对坐标-55.0 angstrom。
当然用了units box后你这里边的-55就指的是绝对坐标了。
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一起面对？
7楼2016-01-27 23:26:30
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匿名

用户注销 (小有名气)
本帖仅楼主可见
赞一下
8楼2016-11-10 00:44:11
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elmer123

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
9楼2016-11-19 10:05:30
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