应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps read data后给原子分组的问题
91/1返回列表
查看: 2442  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pxjdal

新虫 (小有名气)

[求助] Lammps read data后给原子分组的问题 已有1人参与

请教大家一个问题，我看lammps例句大多数是直接建结构，然后根据region block来分区域，分group。我想问如果是read data得到初始结构，怎么根据region来分区域，分group呢？我在手册上看到group 可以是id< number.来分。可以根据x坐标的大小来分吗？如果我想将读出来的结构x小于A分一组，大于等于A分一组要如何写in文件呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-01-24 13:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuuyaoo

金虫 (著名写手)
祝好

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

pxjdal
2楼2016-01-24 14:43:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pxjdal: 金币+20, ★★★很有帮助 2016-01-24 21:39:22
读了data后再分组不是一样的么？也是先region在group啊
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-24 18:18:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pxjdal

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-01-24 18:18:44
读了data后再分组不是一样的么？也是先region在group啊

再请教一下，我用read_data读入坐标后，用region分组，输入指令为：
region 1 block INF -55 INF INF INF INF
region 2 block -54 INF INF INF INF INF

结果报错 ERROR: Use of region with undefined lattice.
这是为什么呢？
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-24 21:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pxjdal

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhuuyaoo at 2016-01-24 14:43:50
祝好

谢谢
回复此楼
5楼2016-01-24 21:58:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lx_PICO

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pxjdal at 2016-01-24 21:57:52
再请教一下，我用read_data读入坐标后，用region分组，输入指令为：
region 1 block INF -55 INF INF INF INF
region 2 block -54 INF INF INF INF INF

结果报错 ERROR: Use of region with undefined lattic ...

read data以后还要从新设置一遍lattice参数的。
赞一下 回复此楼
6楼2016-01-25 14:27:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leijincheng

金虫 (小有名气)
只需要在region 1 block INF -55 INF INF INF INF后面加上units box这个keyword和value就好了。
region这个命令默认是拥有  units lattice，因为你没有设置lattice parameter所以会报错。默认情况下你这里的-55指的是-55*lattice constant，而不是绝对坐标-55.0 angstrom。
当然用了units box后你这里边的-55就指的是绝对坐标了。
赞一下 回复此楼
一起面对？
7楼2016-01-27 23:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
本帖仅楼主可见
赞一下
8楼2016-11-10 00:44:11
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

elmer123

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
9楼2016-11-19 10:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pxjdal 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 听说今天filecode变了 +20 布布和一二 2026-08-06 35/1750 2026-08-07 08:24 by 2549091707
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +4 archvillain 2026-08-06 8/400 2026-08-07 08:06 by 带你看大海
[基金申请] filecode +11 等待解的谜 2026-08-06 15/750 2026-08-07 07:51 by wittywong
[基金申请] 基金中了 +8 laoda193707 2026-08-06 8/400 2026-08-07 07:37 by emeraldine
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ANUsWpSnuWQD 2026-08-06 4/200 2026-08-07 04:46 by nSM3ys5fefM3
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[有机交流] 一个有机合成实验室都需要哪些设备？ 50+3 kf2781974 2026-07-31 12/600 2026-08-06 15:11 by eddyin
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了，论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息，有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭