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cuijiaxin铜虫 (小有名气)
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FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat自由能分解 已有1人参与
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我想问一下，就是我做了结合自由能：MMPBSA了，然后出现的结果是FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat，然后我查看的话是有文件的，可以查看结果。但是我接下来做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat，这个文件里面是空的，很多遍都没有数据，不知道为啥。我也是按教程上面来操作的。 下面是结合自由能：FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in input file for running PB and GB &general endframe=50, keep_files=2, / &gb igb=2,saltcon=0.100 / &pb istrng=0.100, inp=1, / 然后我做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in Per-residue GB and PB decomposition &general endframe=50, verbose=1, / &pb istrng=0.100, / &decomp idecomp=1, print_res="1-157" dec_verbose=1, / 我想知道为啥，自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat做不出来，求大神指导。 |
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2楼2016-06-13 15:13:48
，你print_res="1-157"这行参数删除就知道了 3楼2016-06-16 10:14:03
cbrc_cadd
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