| 查看: 1165 | 回复: 3 | |||
cuijiaxin铜虫 (小有名气)
|
[求助]
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat自由能分解 已有1人参与
|
|
我想问一下，就是我做了结合自由能：MMPBSA了，然后出现的结果是FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat，然后我查看的话是有文件的，可以查看结果。但是我接下来做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat，这个文件里面是空的，很多遍都没有数据，不知道为啥。我也是按教程上面来操作的。 下面是结合自由能：FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in input file for running PB and GB &general endframe=50, keep_files=2, / &gb igb=2,saltcon=0.100 / &pb istrng=0.100, inp=1, / 然后我做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in Per-residue GB and PB decomposition &general endframe=50, verbose=1, / &pb istrng=0.100, / &decomp idecomp=1, print_res="1-157" dec_verbose=1, / 我想知道为啥，自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat做不出来，求大神指导。 |
回复此楼» 猜你喜欢
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助！！！
已经有10人回复
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6393
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1778
- 在线: 568.7小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
2楼2016-06-13 15:13:48
，你print_res="1-157"这行参数删除就知道了 3楼2016-06-16 10:14:03
cbrc_cadd
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2860
- 散金: 24
- 帖子: 454
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 3506398
- 注册: 2014-10-29
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2016-07-03 01:01:33
投票:
10