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ycheng1

银虫 (正式写手)

[交流] 游离水加氢

请教各位高手游离水怎样加氢
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

mengxianggao 看来是高手.
能否详细说明一下squeez的用法, 最好举个例子.
让大家学习一下?
xi2004-emuch@163.com
6楼2008-10-04 16:49:43
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mengxianggao

木虫 (正式写手)

新手

★
ycheng1(金币+1,VIP+0):谢谢你的建议
有几种办法:
(1)根据差值Frouier Map中残留峰的大小来定,然后加入合理的限制精修。
  (2) 如果根据差值中残留峰找找不到氢的位置,可以用Wingx中的Cal-OH来计算游离水的合理位置,然后把计算出来的氢的坐标投入到ins文件中,并加入Afix指令进行精修。
  (3) 如果上面两种办法都不行,也可以不加氢,在文章中给以适当的说明即可;此外,用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo),相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。
新手学习
2楼2008-10-04 08:12:22
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ycheng1

银虫 (正式写手)

游离水有氢键的取向问题,差值Frouier Map中残留峰的大小来定解决不了这个问题啊
4楼2008-10-04 09:26:55
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mengxianggao

木虫 (正式写手)

新手

是的,氢键取向是很重要的一个标准。所以要-边精修一边观察氢键的情况。对于水分子,原则是每一个氢原子的方向都要有氢键.
新手学习
5楼2008-10-04 16:18:05
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