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ycheng1

银虫 (正式写手)

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[交流] 游离水加氢

请教各位高手游离水怎样加氢

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1楼 2008-10-04 00:21:19

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ycheng1

银虫 (正式写手)

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游离水有氢键的取向问题,差值Frouier Map中残留峰的大小来定解决不了这个问题啊

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4楼2008-10-04 09:26:55

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mengxianggao

木虫 (正式写手)

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★
ycheng1(金币+1,VIP+0):谢谢你的建议

有几种办法：
（1）根据差值Frouier Map中残留峰的大小来定，然后加入合理的限制精修。
(2) 如果根据差值中残留峰找找不到氢的位置，可以用Wingx中的Cal-OH来计算游离水的合理位置，然后把计算出来的氢的坐标投入到ins文件中，并加入Afix指令进行精修。
(3) 如果上面两种办法都不行，也可以不加氢，在文章中给以适当的说明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶剂水对整个结构精修的贡献。最后再根据计算结果把所缺少的电子个数加入到cif文件中(Fooo)，相应把分子式、分子量都要做相应的改变, 文章中精修部分也要给以适当的说明。

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