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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 16S扩不出来，到底是模板问题还是引物问题？
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redrover

禁虫 (小有名气)
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1楼 2016-01-11 20:23:41
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反应链

新虫 (正式写手)
★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2016-01-13 18:13:33
Your results have been identified the key problem, which was the DNA sample containing high level of polysaccharides that binding or co-precipitate with DNA. The evidences were 1) positive amplification at low concentration which could reduce the contaminates, 2) highlight strength above the agarose-gel well which was the high level of polysaccharides that binding or co-precipitate with DNA.

Therefore, you can purify your DNA samples using high salt TE protocol below.

1. Add 400 ul of high salt TE (1M NaCl in TE buffer) +2 ul of RNaseA (10mg/mL)
2. Incubate at 37 degrees Celsiu for one hour, mixing from time to time until the pellet dissolves
3. add 2 volume of cold 100% ethanol, put at -20 degree Celsiu for 20 minutes
4. Spin at max speed for 15 minutes
5. Wash pellet with 1ml of cold 75% ethanol
6. Spin at max speed for 5 minutes
7. Repeat wash
8. Dry pellet and resuspend in 100 ul of TE (or more, as you prefer)

Or you can re-extract your DNA samples with 3% CTAB DNA extraction protocol, which separates high quality DNA in our labs.
16S扩不出来，到底是模板问题还是引物问题？
3% CTAB DNA Extraction Protocol.jpg
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  • 附件 1 : 3%_CTAB_DNA_Extraction_Protocol.pdf
    • 2016-01-11 21:42:18, 50.16 K
5楼2016-01-11 21:42:20
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redrover

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-01-11 20:27:13
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redrover

禁虫 (小有名气)
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3楼2016-01-11 20:32:44
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安静de执着14

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2016-01-13 18:13:24
你好，请问你是指的是16s rDNAPCR扩增吗？我以前做过，因为引物是通用引物，只要有DNA模板都能扩增出来的。
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4楼2016-01-11 21:12:39
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