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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力 哪个软件好
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tianflame

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力 哪个软件好 已有1人参与

大家好：
      目前我在研究一个配体-受体结合的体系，配体结构固定，我需要将受体的binding site氨基酸进行饱和突变（大概6、7个氨基酸），从中筛选出能够增强与配体亲和力的突变组合，请问以下软件哪个最好：DS，MOE，Schrodinger，或者还有其他更好的软件推荐也行，最好是Windows系统下的。
      我查到文献上用MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小，请问这个方法是目前为止最好的方法吗？是否有更好的方法？以上软件哪个可以使用这种方法？

谢谢大家！
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1楼 2016-01-05 09:22:03
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吴丰旭

金虫 (小有名气)
chemyang.ccnu.edu.cn/AUTO_CMS/      这个做抗性预测的服务器，我们课题组做的，你可以看看！

发自小木虫Android客户端
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4楼2016-03-03 00:38:45
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背包旅客

新虫 (初入文坛)
MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小的方法是目前最经典的方法啦！几乎80%以上的文献都是用这种方法的呢！！！另外，楼主你有MOE或DS软件么？有的话可以给我发一份么？？？MOE是对接跟优化比较好吧！DS是可以显示受体和配体结合的各种作用！作图很漂亮！
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2楼2016-01-15 11:59:30
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好模拟

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

既然打算做MMPBSA那何不试一试AMBER，跑一段动力学来计算，比现在商业软件里的要好很多，由于尼的结构可能会比较多，用GPU稍微跑一天应该都能跑个几纳秒。
如果实在不愿用AMBER那schrodinger里也有计算的，可能不如动力学来的准确了
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3楼2016-03-01 13:40:45
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