应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力 哪个软件好
51/1返回列表
查看: 1575  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

tianflame

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力 哪个软件好 已有1人参与

大家好：
      目前我在研究一个配体-受体结合的体系，配体结构固定，我需要将受体的binding site氨基酸进行饱和突变（大概6、7个氨基酸），从中筛选出能够增强与配体亲和力的突变组合，请问以下软件哪个最好：DS，MOE，Schrodinger，或者还有其他更好的软件推荐也行，最好是Windows系统下的。
      我查到文献上用MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小，请问这个方法是目前为止最好的方法吗？是否有更好的方法？以上软件哪个可以使用这种方法？

谢谢大家！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-01-05 09:22:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

好模拟

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

既然打算做MMPBSA那何不试一试AMBER，跑一段动力学来计算，比现在商业软件里的要好很多，由于尼的结构可能会比较多，用GPU稍微跑一天应该都能跑个几纳秒。
如果实在不愿用AMBER那schrodinger里也有计算的，可能不如动力学来的准确了
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-01 13:40:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

背包旅客

新虫 (初入文坛)
MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小的方法是目前最经典的方法啦！几乎80%以上的文献都是用这种方法的呢！！！另外，楼主你有MOE或DS软件么？有的话可以给我发一份么？？？MOE是对接跟优化比较好吧！DS是可以显示受体和配体结合的各种作用！作图很漂亮！
赞一下 回复此楼
2楼2016-01-15 11:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吴丰旭

金虫 (小有名气)
chemyang.ccnu.edu.cn/AUTO_CMS/      这个做抗性预测的服务器，我们课题组做的，你可以看看！

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-03-03 00:38:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-15 02:59 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 02:48 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 8/400 2026-11-15 02:26 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-15 00:24 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:20 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1Nb0IVlmV6v0 2026-11-11 4/200 2026-11-13 11:18 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 5/250 2026-11-13 11:15 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-13 11:08 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 16:55 by zzy933268
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:38 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭