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tianflame

金虫 (小有名气)

[求助] 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力 哪个软件好 已有1人参与

大家好:
      目前我在研究一个配体-受体结合的体系,配体结构固定,我需要将受体的binding site氨基酸进行饱和突变(大概6、7个氨基酸),从中筛选出能够增强与配体亲和力的突变组合,请问以下软件哪个最好:DS,MOE,Schrodinger,或者还有其他更好的软件推荐也行,最好是Windows系统下的。
      我查到文献上用MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小,请问这个方法是目前为止最好的方法吗?是否有更好的方法?以上软件哪个可以使用这种方法?

谢谢大家!
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小的方法是目前最经典的方法啦!几乎80%以上的文献都是用这种方法的呢!!!另外,楼主你有MOE或DS软件么?有的话可以给我发一份么???MOE是对接跟优化比较好吧!DS是可以显示受体和配体结合的各种作用!作图很漂亮!
2楼2016-01-15 11:59:30
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好模拟

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

既然打算做MMPBSA那何不试一试AMBER,跑一段动力学来计算,比现在商业软件里的要好很多,由于尼的结构可能会比较多,用GPU稍微跑一天应该都能跑个几纳秒。
如果实在不愿用AMBER那schrodinger里也有计算的,可能不如动力学来的准确了
3楼2016-03-01 13:40:45
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

chemyang.ccnu.edu.cn/AUTO_CMS/      这个做抗性预测的服务器,我们课题组做的,你可以看看!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-03 00:38:45
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