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南海所老龚

新虫 (正式写手)

[求助] RNA电泳为什么理论上28S亮度和宽度是18S的两倍左右 已有2人参与

各位虫友，大家好！
本人刚接触RNA实验，提取了一批RNA，电泳图见附件。查阅资料所知，理论上动物核糖体28S亮度和宽度都是18S的两倍左右，但是一直没找到合理的解释。我的理解是28S分子量是18S两倍左右，与核酸染料结合的量也大概是2倍左右，但是宽度怎么解释呢？请各位帮忙，不甚感激！

RNA电泳为什么理论上28S亮度和宽度是18S的两倍左右
RNA电泳 来自网络.png


RNA电泳为什么理论上28S亮度和宽度是18S的两倍左右-1
RNA电泳 自己的.jpg
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1楼 2015-12-30 10:27:59
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南海所老龚

新虫 (正式写手)
另外补充一个问题，28S分量约4000 nt,28分子量约2000 nt（如上图图1），为什么RNA电泳后分别在2000和1000 Marker位置呢？
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TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
2楼2015-12-30 10:32:02
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反应链

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Mammalian 28S and 18S rRNA are approximately 5 kb and 2kb in size, the theoretical 28S:18S ratio is approximately 2.7:1. But some 28S rRNAs contain an AU-rich sequence called a “hidden break” that can result in processing of these rRNA species into two smaller RNAs. It is likely that similar structural features may be responsible for the “hypersensitivity” of the mammalian 28S rRNA relative to the 18S rRNA, resulting in 28S:18S rRNA ratios that are less than the theoretical 2.7:1.
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  • 附件 1 : RNA_Quality_and_RNA_Sample_Assessment___Thermo_Fisher_Scientific.pdf
    • 2015-12-30 11:43:32, 370.44 K
3楼2015-12-30 11:43:46
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反应链

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 南海所老龚 at 2015-12-30 10:32:02
另外补充一个问题，28S分量约4000 nt,28分子量约2000 nt（如上图图1），为什么RNA电泳后分别在2000和1000 Marker位置呢？

You must use a DNA ladder marker. The DNA is double strands while RNA is single one.
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4楼2015-12-30 11:46:22
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南海所老龚

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 反应链 at 2015-12-30 11:46:22
You must use a DNA ladder marker. The DNA is double strands while RNA is single one....

感谢您的回复，关于Marker的问题我明白了，单链RNA比双链DNA跑的快，所以导致比实际的Marker要小。
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TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
5楼2015-12-30 14:01:12
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joeming123

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
据我个人经验，
1、首先，你提出来的2.3.5.6.7号RNA，完整性还是可以的接受的， 只是有些许降解，在提取过程中，要注意一点就行。
2、一般真核生物28s：18s=2左右，你的理解是对的，就是根据他们的分子量来定的。28s 3600nt左右    18s  1800nt左右。  电泳检测的时候，我们都是看亮度是2：1就符合要求，实际情况这个2：1很难界定，电泳检测时只要28s比18s亮一些就判断没有降解。  我理解的是宽度和亮度是一个意思，就是判断他们的比例的一种说法而已。
     如果你需要确切的判断28s：18s的比例，可以用Agilent 2100进行检测
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现在的路越来越难走
6楼2015-12-31 09:45:54
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南海所老龚

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by joeming123 at 2015-12-31 09:45:54
据我个人经验，
1、首先，你提出来的2.3.5.6.7号RNA，完整性还是可以的接受的， 只是有些许降解，在提取过程中，要注意一点就行。
2、一般真核生物28s：18s=2左右，你的理解是对的，就是根据他们的分子量来定的。 ...

你好，如果2:1的亮度是因为其分子量的关系的话，那理论上在所有物种中都应该是这个比例，但是据我所知有很多生物类群不符合该比例，如软体动物。
另外更正下，28S分子量约为4800 nt，18S介于1800-1900间，理论比值为2.7:1，您可以参考3楼虫友给我提供的附件。我方向为系统进化，和您方向很相近，欢迎交流。
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7楼2016-01-01 23:12:03
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丝竹睛明

新虫 (小有名气)
宽度和分子量没关系，是该分子量下的片段多而已。

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8楼2016-01-03 22:53:30
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丝竹睛明

新虫 (小有名气)
亮度

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9楼2016-01-03 22:54:16
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