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巫山忆

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs溶剂化

gromacs蛋白质定义了菱形盒子,溶剂化后为何水分子不在盒子内?
操作如下
gmx_mpi editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
gmx_mpi solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
gromacs溶剂化
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巫山忆

木虫 (小有名气)

2楼2015-12-29 16:33:54
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XYwinne

金虫 (小有名气)

显示问题,不用管,接着做,要是不放心放到MS里看看!

发自小木虫Android客户端
3楼2015-12-29 19:31:26
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有点坑

铁虫 (初入文坛)

楼主知不知道在RCSB PDB里面为什么下不到PDB格式了?如果可以 怎么下啊
4楼2015-12-30 15:22:53
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巫山忆

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by XYwinne at 2015-12-29 19:31:26
显示问题,不用管,接着做,要是不放心放到MS里看看!

谢谢喽,看到你也问过这个问题~  不过你的帖子不是应助贴,我没发给你金币呢
5楼2015-12-31 16:38:47
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巫山忆

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 有点坑 at 2015-12-30 15:22:53
楼主知不知道在RCSB PDB里面为什么下不到PDB格式了?如果可以 怎么下啊

咋歪楼了。。。  下载ent格式就可以了
6楼2015-12-31 16:40:13
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