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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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wyysunshine

木虫 (知名作家)

[求助] BEAST软件计算分化时间求助!

用BEAST软件计算物种分化时间,看了两天教程,遇到几个问题,打滚求助!cry:
1 NEXUS文件设置
#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=148 nchar=646;
format datatype=DNA missing=? gap=-;
format datatype=DNA interleave=no gap=-;
这两种设置有差别吗?我用后一种设置的时候,文件就无法导入BEAUti了,并显示如第1张图所示。

是否需要定义序列区段分割(这个是例子里显示的)?如果需要,依据什么进行分割?
begin assumptions;
charset firsthalf = 1-449;
charset secondhalf = 450-898;
end;
end;

2 Taxon sets
是不是设置一个ingroup和一个outgroup就可以了,都设置成mono?

3 Priors参数
我按照教程来看,不同的例子各种参数设置也不一样。请问我这个设置是否有问题,各种参数设置的标准是什么?不同的教程也存在差异,把我弄懵了。
另外可能由于软件版本的原因,我的设置里面都有一项initial,这个也不知道该是多少?还有一个无穷大的符号,也不知道该怎么加进去。。第2张图。

第3张图是教程的例子。


BEAST软件计算分化时间求助!
错误.png


BEAST软件计算分化时间求助!-1
priors参数.jpg


BEAST软件计算分化时间求助!-2
例子.png
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顺其自然~~
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wyyiscute

新虫 (初入文坛)

树画好之后下面可以显示具体年份而不是年份距离么?

发自小木虫Android客户端
3楼2017-02-28 15:16:10
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童话人

木虫 (小有名气)

跪求楼主发一份教程啊 邮箱:zgongz@163.com
I exist only in my world.
2楼2017-02-27 17:46:58
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llyy119

新虫 (初入文坛)

求教程一份lyykfeng@126.com。谢谢!
4楼2017-05-14 13:08:56
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chenyuqi9494

新虫 (初入文坛)

跪求一份教程!万分感谢!chenyuqi1994@yeah.net
5楼2017-06-05 16:27:42
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